进行了“废藩置县”的改革。这些“御亲兵”后来改名为“近卫”。
由于明治维新的前期各地叛乱不断，这些“御亲兵”忙于镇压各地藩主士族的反叛，很是耗费了一些功夫。不过，虽然四处镇压，“御亲兵”们却依旧没能起到太大的镇慑作用。到了1877年（明治十年），来了一场被称为“西南战争”的大规模反叛。被内讧轰下了台的明治维新最大功臣，陆军大将，前近卫都督，也就是“御亲兵”们的前任大头子西乡隆盛（就是前面所写的日本海军大臣西乡从道的哥哥），带着7个大队的13000名士兵打着“有话要对政府说”的不明不白的旗号从鹿儿岛北上，和九州的士族们一会师，组成了一支30000多人的部队，把个熊本给包围起来了。还放出话来，要一直打到大阪、东京。
当时的明治政府非常慌忙，赶紧派兵镇压。先是派了个文官叫炽仁亲王的做征讨总督，又找了两个武将，一个就是时任陆军中将的山县有朋，另一个则是海军中将川村纯义，让这两位给亲王帮忙做参军，三人就带了一大堆老兵新兵，以及不是兵的士兵们去“讨贼”。
为什么说还有一群“不是兵”的兵呢？因为征讨兵力不足，明治政府把东京警视厅的警察们（当时叫“巡查”）也弄到前线去玩命去了。
结果这一仗打了七个月。最后官军赢了，贼军首领西乡隆盛自杀。不过，官军也确实该赢。首先，反叛军是所谓“贼军”，道义上就输了一着；其次，反叛军的口号也不明不白，“有话要对政府说”是个什么意思？既然有话说，那怎么还想打到大阪和东京？这是有话说的体现吗？第三，官军的武器比贼军要强的多，用的都是法国制的野山炮和步枪，贼军却没有；最后就是钱，贼军军费只有70万元，而官军用了4160万。所以说贼军根本就没有胜算。
但是日本政府还是很不高兴。为什么？因为双方实力悬殊这么大，这仗居然还打了7个月，大家觉得很不正常！于是，开会总结，几次之后，大家理出了一条头绪：文官掌了统帅权。文官不是武将，不知道“将在外，君命有所不受”的道理，什么事都要请示汇报，把战机给延误了。还有一条呢，就是参谋的水平太差，一个好招都支不出来不说，还尽出些蹩马腿的臭招。
本来，如果只是这样也就罢了，山县有朋也不会因为这个整出什么“大日本军人三件套”的书来。关键是就在明治政府在总统经验教训的时候，又出事了。而这次不是叛乱，是兵变！
1878年，也就是明治11年8月23日夜晚。东京竹桥近卫炮兵营。队长宇都宫茂敏和深泽巳吉在睡梦中听到一阵急促的脚步声，俩人还没来得及睁开眼睛，冰冷的战刀已经斩断了喉咙。紧接着，200多名近卫炮兵和陆军在军营里放了一把大火，映红了东京的天际。
这拨儿军队非常有组织有纪律，这边火烧的正旺，那边又有90个军士拖着大炮跑到明治维新的大功臣，大藏大臣大隈重信家门口放了几下，然后，可能是觉得只打大臣不过瘾，这些军士又拖着炮向当时的临时皇宫赤坂挺近。
不过，此时已经升任陆军大臣的山县有朋在听到炮声之后已经率领士兵赶来了。很快，就将那些实心眼儿，只是真心实意地希望天皇陛下能给自己做主的，一见到政府士兵就主动束手就擒的兵变军士们给抓了起来。
可是，这些士兵根本就不能理解山县有朋的愤怒。这位陆军大臣根本就没有给他们机会，直接下令将带头的55个人枪毙示众，其它随着凑热闹的也进行了严厉的惩罚。
可是，身为天皇的“近卫”军，这些兵士为什么要造反呢？而且，这可是炮兵啊。在19世纪中后期，炮兵，尤其是近卫炮兵，那地位跟后世中国的二炮官兵也相差仿佛了，甚至还要更高，他们为什么要发动兵变呢？