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“如果征服西班牙需要付出80；000人的代价，我认为不值得，但在我看来12；000人足矣。”拿破仑4月18日在巴荣纳的口气十分轻松，仿佛12；000人的生命是毫不足惜的。事实上，他已经开始认识到法国人如果不制止剧烈的抵抗远动是无法占领整个西班牙的。“我真的有些困惑了，”他对缪拉元帅承认道，“须臾不可忘记这样的事实，你在这里对付的是完全不同的一个民族。只有决心捍卫自己祖国的人才会有他们这样的勇气和热情。”
法军战无不胜的神话被打破了。卡斯塔尼奥司的轻装部队继续推进，势如破竹，所向披靡。不到10天，新任国王约瑟夫在马德里就坐不住了；他收拾行装，向北逃到了布尔戈斯。
拿破仑对杜邦的失败大为震怒，他曾经严令禁止抢掠。“杜邦的所作所为真是令我失望，他本是我的爱将，很可能成为我的下一个元帅……他如果能手持武器战死沙场该多好啊，至少可以死得光荣！”拿破仑表示要将杜邦送交军事法庭受审。对于约瑟夫的弃位逃跑，拿破仑深感无奈。在埃及远征中曾经失算的一代军事天才——后来又对英国剑拔弩张，在特拉法加海战遭到惨败，而后又用武力占领了葡萄牙、荷兰、瑞士、意大利、39个莱茵同盟国、普鲁士、奥地利以及华沙大公国的拿破仑——现在又在做出另一个毁灭性的错误决定。在他的内心深处，他深知这一点，可是他仍然执迷不悔。这个决定将使30多万法国人在伊比利亚半岛送命，更不要提西班牙和葡萄牙的死亡人数以及殃及池鱼的无辜平民的伤亡。
“在这种战场上，退却是绝对没有任何好处的。在一般的战争中退却也是极其危险的，而在对付一个民族的起义时，更是丝毫不能退却。”拿破仑在6月中旬曾这样告诫贝西埃尔元帅，可是现在他自己也要退却了。的确，此时的伊比利亚决策中的一切谋算都带有退却的色彩。本来拿破仑没有料到在西班牙会遇到任何反抗，可是不料除了全国的平民起义外，他还要面对10万之众的整个西班牙皇家军队的抵抗。红衣主教公开谴责拿破仑，已经代表了西班牙全民的心声。
7月22日，法军在拜兰投降西班牙后，两天前才进入马德里的约瑟夫就逃亡北方。同时，贝西埃尔全力维持马德里和巴荣纳之间的补给线。占领西班牙从一开始就是一场噩梦，是埃及远征的重演：法军处处陷入困境，不同的是，西班牙人口众多、武装精良、抵抗入侵的决心更强。拿破仑在埃及遇到的不过是几支敌对的军队，而在西班牙处处都有抵抗军，而且都盘踞着坚固的古城堡和要塞。在埃及，法军围攻的只是一个阿克城，在这里要围攻几个城市。如果说在埃及的克莱贝尔和德塞还取得过一些胜利的话，那么，蒙塞和杜邦在西班牙则一无所获——前者奉命攻打巴伦西亚，大败而归；后者在7月投降西班牙。至于贝西埃尔在阴冷潮湿的海边山林里企图朝北进军也告失败。拿破仑在西班牙的军队人数已经达到万人，处处遭到打击。这是他没有预料到的。马德里成了第二个被围困的开罗。朱诺将军的26；000人8月21日在维莫洛被韦尔斯利爵士率领的英国军队击败，被迫撤往里斯本，第二天在辛特拉签了停战协定，按照协定法军被逐出葡萄牙。这一切都是在韦尔斯利爵士的9；000人在蒙德戈湾登陆后3个星期内发生的，法军的传奇人物、久经沙场的朱诺居然被打败并被逐出了葡萄牙！
那年夏天，关于伊比利亚的惟一的好消息是贝西埃尔元帅于1808年7月14日在塞科河畔的梅迪尼亚击败了西班牙将军布拉克率领的军队。但是，法国元帅和他率领的12；000人在胜利后犯下了战争暴行——将成千上万已经投降的西班牙军人杀害——雅法魔鬼的阴影仍然笼罩缠绕着法军。这个消息拿破仑没有让法国的新闻界知道。