月，拿破仑第三次派出一个名叫博尚的使者，旨在与君士坦丁堡建立直接的外交关系。这次，拿破仑的态度比较强硬，他在信中要求君士坦丁堡与“我们的公使一道……释放一切被关押在叙利亚的法国人”。同时，“你们要通知土耳其政府，我们愿和他们成为朋友，我们埃及远征的目的是惩罚马穆鲁克和英国人，是为了阻止奥斯曼帝国”被奥地利和俄国“瓜分”。他限令苏丹释放关押在君士坦丁堡的法国公民，“如果不这样，便将视为对法国的宣战”。但拿破仑真正需要的还是妥协。此时，土耳其政府已经对法宣战，法国公使也已被捕。这些博尚完全不知。
不幸的是，博尚直到1799年2月13日才得以成行，而且他的帆船在富德（Phodes）被拦截，博尚被关进监狱。拿破仑的信直到4月14日才被送到君士坦丁堡。
事实上，当奥斯曼苏丹在1798年9月得知法军入侵埃及的消息之后，他就将法国公使和君士坦丁堡的大部分法国侨民逮捕。拿破仑是在10月9日从一艘开往达米亚塔的希腊船上得知土耳其政府的这一举动和他们已经对法宣战的。连塔列朗也认为是法国入侵埃及使得与土耳其的谈判陷入了僵局。
拿破仑7月在埃及成功登陆的消息直到9月10日才传到巴黎，人群为此欢呼，巴黎军校鸣礼炮以示庆贺。当天晚些时候，当礼炮还在法国首都回响，信使飞马来到海军部长布律克斯的房间，通报布吕埃斯的舰队在阿布基尔湾遭到纳尔逊重创。
法国海军在阿布基尔的惨败很快就波及地中海：同一个月，驻科孚岛守军遭到英国皇家海军的袭击（该岛1799年3月3日向英国投降），沃比翁将军亲自下令马耳他向英国投降，且待1800年9月4日再在马耳他向英国人报仇雪耻不迟。如此一来，法国先后失去了两个具有重要战略意义的岛屿。此时，拿破仑对此还一无所知，他也不知道从阿布基尔海战死里逃生的维尔纳夫和德克里斯在企图逃离马耳他时也被英国人俘获。随着阿布基尔海战的失败，法国人在地中海地区无论是外交还是军事上都满盘皆输。因此，拿破仑企图与叙利亚的土耳其人或是君士坦丁堡和谈的努力纯属徒劳。
曾经向拿破仑表示要全力支持埃及远征的塔列朗给督政府的特雷亚尔（Treilhard）写信，后者将该信于1798年11月4日转寄给了拿破仑并批写道：“你可以想像督政府是多么后悔，以及他们是多么难以理解你远征的详情。”他继续写道，“由于海战的失败，法国在地中海处于腹背受敌的窘境。一切国际问题皆应归咎于这个可怕的事件。”这次“舰队的灾难”削弱了法国各种外交政策的基础。马耳他遭到封锁、意大利出现麻烦、英国和奥地利联合俄国和普鲁士正在形成新的反法同盟。此外，督政府不得不紧急征募20万新兵，由儒贝尔将军前去担任意大利军司令，儒尔当将军整编莱茵军。特雷亚尔强调，如果战争爆发，肯定是爆发在意大利无疑。尽管如此，“外部之敌终将被征服……通过政府所有成员团结一致，坚强无比的、不朽的共和国将战胜一切敌人……因此，你必须准备完全依靠你自己的力量，至少在一段时间内是如此。”最后特雷亚尔督政指出拿破仑有3种选择：他可以留在埃及等待时机；他可以进军印度；或者，他可以进军君士坦丁堡。最后，他对几个月前曾在他面前出言不逊的拿破仑挖苦道：“无论你做何决策，我们期待靠你的天才和运气；你最后能力挽千钧，取得辉煌胜利。”特雷亚尔（以及明显参与起草此信的塔列朗）终于（也许不是最后）看到了拿破仑的笑话。收信人拿破仑直到1799年3月25日在阿克再次遭到军事挫折时才收到这封信。
从军事观点看，拿破仑攻占开罗有几个目的，这些目的他希望同时达到：他要巩固亚历山大沿海一线的安全；占领和巩固尼罗