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拿破仑也没有忘记给法国驻军修建新的兵营，更重要的是，在开罗地区修建4所新的医院，总共有600张病床。随军工程师设计建造了大型的面包烤炉以解决军队的燃眉之急。拿破仑坚持要为军队烤制“质量上乘”的面包。他认为，只要军队能够吃好，就不会再有那么大的牢骚了，也不会在外面欺骗和盗窃了。军中的盗窃之风十分猖獗，最头疼的是他们甚至偷盗马匹， 法国骑兵仍然急需大量的战马。有些高级将领的坐骑也被偷走，无处可寻。
拿破仑将德塞的师团部署在吉萨南方的尼罗河上游扎营，准备进攻穆拉德贝伊军；邦将军的师团则镇守开罗，梅努和迪盖的师团在“老开罗” 和尼罗河港口布拉克保护开罗； 雷尼尔的师团越过荒漠向东面的苏伊士跋涉。其他军团则分散在四面八方。贝尔蒂埃则正在尼罗河边的吉萨建立庞大的中央军营，包括医院、炮兵营、运输营、工程部和弹药库。
贝尔蒂埃不断听到各种抱怨，如法国军人甚至军官不守规矩等，包括密报有人煽动军心以及军官私分军用物资。现在，甚至对军队的日常管理也变得困难起来。迪盖、雷尼尔和德塞不断送来伤感并令人灰心的报告，令贝尔蒂埃对军队现状深感困惑和不可捉摸。
军需官索西负责为分布在方圆上万平方英里的军队提供军需品。 总司令部接到报告说有人抱怨军需品和食物没有运到他们的驻地，特别是在塔米亚和亚历山大海岸一带。几个月之后，索西非法私吞军用物资以及将军用物资送到黑市上出售的事实才得以完全暴露于众。
同时，在开罗对军队进行整编之后，拿破仑必须进一步征服整个埃及，尽管他在给督政府的报告中称埃及已平安无事，实际上，连罗塞塔和塔米亚也不平安。从亚历山大到开罗一线的法军武装运输部队处处遭到袭击，甚至连来往于总司令部的若干军使也遭到杀害，其中一名是拿破仑最钟爱的副官朱利安——为此，拿破仑不得不用重兵护送军使。与此同时，梅努将军要对付罗塞塔周围以及从罗塞塔到拉马尼亚一带的埃及敌对分子；维亚尔则被派往塔米亚去驻守港口和极其重要的粮食储备仓库；扎约翁谢克被派往梅努夫和尼罗河三角洲扩###军影响，做好向东扩张的准备。
换句话说，虽然拿破仑在金字塔大战取得了胜利，但除了亚历山大和开罗之外，这个国家仍然在继续和法军作战。没有一个地区可以免于小规模袭击的骚扰。此外，残余的马穆鲁克军仍然具有一定势力，易卜拉欣贝伊军在开罗的东北面，穆拉德贝伊军则分布在尼罗河沿线的法尤姆以南地区。
拿破仑带来的32；000人的远征军，目前只剩下2万人左右可供调遣（另有6；000人在医院，或驻守各地）。8月18日，贝尔蒂埃将这个令人吃惊的数字报告了拿破仑。拿破仑在不到两个月的时间内损失了7；000人。不用说，在给巴黎的报告中，这一点儿也没有提到。
尽管入侵和攻占异国的残酷现实不容置疑，但是拿破仑却为后代做出了法国人在落后的法老王领地执行“文明使命”的先例。拿破仑带来了现代的机器，他研究埃及的人文地质。1799年，布沙尔上校发现了“罗塞塔石碑”①，艺术家德农在底比斯、卢克苏尔和卡纳卡发现了大量古代神庙的遗址（包括法国军队后来带回法国置于杜伊勒里宫花园里的方尖塔）。但是，也许拿破仑最伟大的创举就在于他创建了埃及科学院，他将其视为传播文明的最有力的手段。
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埃及科学院建立于1798年8月22日，此举在督政府和法国人民的眼里，在历史上以及在埃及人的印象中都被认为