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6月8日，布吕埃斯的舰队终于见到了马耳他岛，他们发现来自契维塔韦基亚的德塞的小舰队和德克里斯的护航三桅快舰已经在那里等候着他们了。次日，总计365艘战船的舰队经过21天的航行终于在瓦莱塔抛锚停泊了。
不用说，6月9日，当马耳他人一觉醒来，在这个地中海上的古老海港发现眼前的大海上是一望无际的军舰和如同“浮动的森林”般的桅杆和樯帆时，不禁大惊失色。同样，法国海军军官在他们的望远镜里发现岛上貌似攻不破的城垛和要塞时，也是焦虑万分。
既要攻占该岛，又不想以“征服者”姿态出现，拿破仑给瓦莱塔的守军发出信号，要求允许整个舰队进港补充淡水。10点，岛上回答：每次只准4艘船进港加水。这很好，为了攻击他们“总是需要借口的，无论是什么借口”。德塞将军得到命令立即登上“东方”号与总司令商量作战部署，决定从4个方向向该岛发起进攻。
进攻之前，为了公众舆论和历史交代，拿破仑还要履行最后一道程序。6月10日，他命令法国驻马耳他领事向马耳他守军指挥官递交了一份正式抗议书，指出：舰队有权进入中立海港获取淡水，“拿破仑总司令”对于该岛守军的否定回答“十分震怒”。而且还指出：他熟知“阁下的前任（1793年马耳他拒绝承认新成立的法兰西共和国）所给予英国人的优惠待遇”。因此，拿破仑“决定使用武力来获取应该得到的礼遇……而我预料贵方没有阻挡的可能性。”
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事实上，法国舰队的突然出现对于马耳他岛的骑士团来说，并不应该感到意外；因为早在5月中旬，拉什塔特的奥地利外交官给他们的密件中就通报过形势：“卑职写信是提醒阁下：土伦之远征矛头直指马耳他和埃及……贵岛肯定会遭到袭击，但是，如果你们不战而降，你们将成为全欧洲的耻辱（并将得不到任何支持）”。
在法国人面对的众多要塞中，主要是控制进入瓦莱塔港咽喉要道的3大要塞。但面对岛上漫长的阵线、1；000多人的守军和900门火炮、迫击炮和榴弹炮，拿破仑并不感到忧虑。他发出了进攻的信号。
第六章 海军舰队（6）
他又一次被证明是正确的。开战后不到24 小时，6月11日上午9点，一名马耳他信使前来“要求停战”。法国人很快答应了。当晚10点，6名马耳他人组成的全权大使团登上了“东方”号，经过几个小时保持面子的讨价还价之后，大使团于凌晨3点签字投降，割让马耳他给法兰西共和国。法方付出的代价仅为3死6伤，马耳他方面仅死了“几个人”，数百人被囚禁。
在“东方”号甲板上签署的“条约”中规定：“耶路撒冷圣约翰骑士团将马耳他岛的所有主权和财产无条件交给法兰西共和国。”法国则答应“依靠其在拉什塔特的影响”为骑士团的首领在德意志某地获得“一个适当的公国君主地位”（后来没有兑现）和30万法郎的年金。骑士团的其他骑士则每人获得700法郎的年金，200名法国骑士允许回到法国。结果诺言许下了，年金却从来没有给过。
投降文件尚未签署，6月13日，拿破仑就向全军公布了法军大获全胜的消息：“我军公告——敌军已经投降！马耳他获得了自由。”去年签署了坎波福米奥和约和哈布斯堡王朝投降条约的28岁的将军，现在又在8个月内创下了第二个非凡功绩。拿破仑完全有理由为自己高兴：一切都按照他的计划在实现。
法军开始迅速而不流血地接管该岛的行政、司法和宗教事务，同时以传播法国的自由思想为由，没收马耳他骑士及其他人的公有及私有的财产甚至教堂的财产。
6月13日，条约上的墨迹未干，拿破仑指派“