拿破仑的报告只是个形式问题，因为督政府早已和他商量并决定了这件事。同日，督政府颁发了一道法令，宣布发动一场新的军事行动，包括拿破仑提出的成立“地中海海岸军事委员会”指挥征战埃及的军事行动的主张。另一道命令授权对马赛、土伦和其他海港城市的军队进行补充，并组建护送远征军的舰队。同时授权陆军部长调拨100万法郎给新成立的军事委员会，并在此后每隔10天分别给陆军和海军拨款50万法郎直到完成备战为止。另外一道法令命令海军部长在土伦装备战舰，使它们能够胜任3个月的远海作战。督政府在同一天还发布了数道命令，指示驻意大利指挥官在热那亚征调所有船只准备运兵，并命令马塞纳将军立即启程到意大利契维塔韦基亚调兵遣将，同时命令在阿雅克肖的沃比翁将军整装待发。
虽然这项军事行动的目的是绝密的，连拿破仑的高级将领也只有少数人知道，调兵和运兵计划却在紧锣密鼓之中付诸实施了。
两天之后，即3月7日，督政府任命布吕埃斯海军中将担任舰队司令，同时继续为远征军准备兵力、弹药和大炮。几天后，贝尔蒂埃被解除其在意大利军的指挥官职务，调回巴黎任远征军参谋长。一周后，路易·德塞①接替了贝尔蒂埃在意大利契维塔韦基亚的职务。
3月中旬，陆军部长通知法国东部和东南部守军，在他们的军事辖区内将发生大规模的军事调动；他同时命令全法国和法国占领地的所有军事总指挥官向里昂调兵，然后由波恩将军组织和装备这些军队，并用成千上万艘驳船通过莱茵河运到地中海海岸。
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第五章 决定（2）
督政府对军事行动的目的讳莫如深，以至于从来没有和拿破仑共过事，而现在是远征军指挥官之一的克莱贝尔②至今还不知远征的终极目的地。更让人吃惊的是，海军部长本人直到3月15日还没有被告知远征的真正目的！
两周后，即3月30日，拿破仑通知法军总审计官（Chief Army Ordonnateur和军需司令官的地位、薪酬和重要性相当的一种官职）絮西宣布远征军将由5个师组成，需要两个月的食物和弹药，5个师的兵力分别从5大运兵口岸，即马赛、土伦、热那亚、阿雅克肖以及契维塔韦基亚集结登船，由多马丁将军指挥炮兵；医疗队由18名军医、300多名护士和药剂师组成，由医生德热内特和军医拉雷指挥。拿破仑于3月21日通知“地中海军事委员会”必须在4月9日以前将一切出发工作准备就绪，但各个海港都没有足够的运兵船，更不用说护送的舰只了，大部分船只是临时建造或修修补补的，此外，布吕埃斯海军中将尚在途中，实现计划谈何容易。
反对这次远征以及心存疑虑的远征军军官大有人在，因此半官方的报纸《箴言报》在4月1日发表的一篇文章上险些泄露了天机，该文称一次“兼有社会和军事性质的远征” 正在成行，“其目的地是埃及。通过埃及进逼英国殖民地印度，要在那里打击英国。”与此同时，大部分拿破仑的军官，甚至连政府的高级官员都仍然被蒙在鼓里。为了弥补这一破绽，并进一步迷惑英国人，4月4日，《箴言报》上刊登了政府公告，称：“拿破仑将军将在10天内启程到布雷斯特担任英格兰方面军指挥官。”
海军舰队和护卫队显然没有能够按照命令在4月9日出发。在海上执行任务一年多的布吕埃斯的舰队已经离开科浮岛，但是还没有到达。此外，大部分军舰在经过数月的海上航行之后，都需要维修并对大量减员进行补充。尽管如此，当由6艘法国军舰、5艘威尼斯战船和9艘三桅快舰（其中6艘是法国的）组成的破烂舰队终于于4月2日在土伦抛锚停泊时，布吕埃斯仍然受到了热烈的欢迎。