置之不理等情。
鰲拜得悉之下，立即查究，登時雷厲風行地辦了起來。便在此時，吳之榮的稟帖也已遞入鰲拜府中。他當即召見吳之榮，詳問其事，再命手下漢人幕客細閱吳之榮所呈繳客店中偷來的那部原版明史，所言果是實情。
鰲拜以軍功而封公爵、做大官，向來歧視漢官和讀書人，掌握大權後便想辦幾件大案，鎮懾人心，不但使漢人不敢興反叛之念，也令朝中敵黨不敢有甚異動，當即派出欽差，赴浙江查究。這一來，莊家全家固然逮入京中，連杭州將軍松魁、浙江巡撫朱昌祚以下所有大小官員，也都革職查辦。在明史上列名的文學之士，無一不鋃鐺入獄。
顧炎武在呂留良家中，將此案的來龍去脈詳細道來，呂留良聽得只是嘆息。當晚三人聯榻長談，議論世事，說到明末魏忠賢等太監陷害忠良，把持朝政，種種倒行逆施，終至明室覆亡，入清後漢人慘遭屠戮，禍難方深，無不扼腕切齒。
次日一早，呂留良全家和顧黃二人登舟東行。江南中產以上人家，家中都自備有船，江南水鄉，河道四通八達，密如蛛網，一般人出行都是坐船，所謂「北人乘馬，南人乘舟」，自古已然。
到得杭州後，自運河折而向北，這晚在杭州城外聽到消息，清廷已因此案而處決了不少官員百姓：莊廷鑨已死，開棺戮屍；莊允城在獄中不堪虐待而死；莊家全家數十口，十五歲以上的盡數處斬，妻女發配瀋陽，給滿洲旗兵為奴。前禮部侍郎李令晰為該書作序，凌遲處死，四子處斬。李令晰的幼子剛滿十六歲，法司見殺得人多，心腸軟了，命他減供一歲，按照清律，十五歲以下者得免死充軍。那少年道：「我爹爹哥哥都死了，我也不願獨生。」終於不肯易供，一併處斬。松魁、朱昌祚入獄候審，幕客程維藩凌遲棄市。歸安、烏程的兩名學官處斬。因此案牽連，冤枉而死的人亦不計其數。湖州府知府譚希閔到任還只半月，朝廷說他知情不報，受賄隱匿，和推官李煥、訓導王兆禎同處絞刑。
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