日本《八幡愚童训》记载：“六日至十三日，昼夜合战不休”。
元军从高丽合浦出兵至今，已在船上连续生活一个多月。盛夏的酷暑和生存环境的恶劣使得元军中开始蔓延传染病，已有两三千人病死。
在今津方面，企图登陆的元军也被驻防当地的萨摩、大隅等国的武士所阻止。
这时，同江南军的汇合期限将至，忻都等将领经过商议，决定撤回壹岐岛——该岛是两路大军事先约定的会师地点。
虽然元军进展受阻，但是日军战败的流言却在日本内地流行开来。在京都，甚至传言“九州已经灭亡，不久就会攻打京都”。
东路大军在壹岐岛逗留一段时日之后，眼见与江南军约定的会合期限已过，该岛周围却仍然不见一只帆影。
忻都召集众将，进行了数轮磋商，寻求对策。
高丽籍大将洪荼丘认为形势不容乐观：“向约江南军与东路军六月望前会于壹岐。今南军不及期，我军先至，大战者数矣，船腐粮尽，将其奈何？”
此时，洪荼丘已生退意，只不过没有明说而已。但其他将领也拿不出好的主意，就连一向敢言的金方庆此时也不发一言。
十几天后，金方庆才说出了自己的明确意见：“我等奉旨备三月粮，今尚有一月之粮，不如先待江南军到，再合而攻之，必可破此岛夷”。
金方庆的建议遂成决议。东路军继续固守壹岐岛。
江南军本应在6月中旬前到达平户岛，与东路军会师，却迟迟不见踪影。
原来早在3月，就有日本船只顺风漂流至中国大陆，元朝方面令其水工画日本地图，并详细询问日本沿海地利，得知在太宰府西部附近有个名为平户的小岛，周围皆水，是一处天然的港口，且防备薄弱。
元朝征东行省得知这个消息后，便临时更改了作战计划，决定把东、南两军的会师地点改在平户岛。因为太宰府才是此次东征军所要攻占的战略要地，平户岛近水楼台，元军可绕过对马等岛屿，直接实施“越岛作战”。
忽必烈对这个改动方案表示认可。于是江南军方面便派出了一支六十艘船的先遣队赴日，意在向东路军通报作战方案变更之事。但是江南军先遣船队却因航道生疏，没有如期到达壹岐岛。
五 元军二次东征——日本真的打胜了（5）
另外，事先安排元军总指挥阿剌罕与江南军同时出征，但阿剌罕却因年纪老迈而突然病故，忽必烈不得不临战易帅，临时任命阿塔海为两路军总指挥，以履行阿剌罕之职。阿塔海又不能立即达到宁波，于是范文虎在仓促之中于6月18日命令江南军起锚离港。
江南军在遭遇多端变故的情形下，于公元1281年6月底到达日本。该军之一部突破日军防线，进入壹岐岛。7月初，该军主力十余万人到达预定阵地平户岛。
7月上旬，固守在壹岐岛的东路军及江南军之一部开始向平户方向推进。南北两军终于完成汇合，能够参与作战的兵力共计十四万。
平户岛周围海域布满了遮天蔽日的元军旗帜。经过几日的整编，7月下旬，元军派出小股部队进行尝试性登陆，并于27日占领肥前鹰岛，将之作为前进基地。
与此同时，日军方面也开始调整兵力，多路援军驰援平户岛、鹰岛。
在这一次战争中，日军的战争动员和组织能力都有所提高，他们凭借有利地形构筑防御工事，并且奋勇作战，但是终究不能对元朝联合部队起到有效的阻击作用。并且江南十万大军还没有实质性参与到战争中来。众所周知，登陆战的关键在于抢滩，而非此后的陆战，一旦十四万大军在博多登陆，日军的抵抗力将被进一步削弱。
7月30日，元军原计划于该天启