究指使者。郑士利笑道：“只是想看看我的上书能否被采用而已。我的职责是为国家议论政事，自料必死，谁会为我出谋划策？”
更认为一介书生郑士利无法主导此事，下令彻查幕后主使。最终并未查到所谓主使，郑士利被流放，其兄长郑士元本已释放，却也受此连累被判处流放，而空印案中的其他官员也未得到赦免。
朱元璋认为空印这种做法存在严重的潜在风险，可能被奸吏利用来作弊和危害百姓，同时他也将官员未经请示就私自使用空印视为对皇权的轻视和挑战。
关于此案的处理结果，各史料记载大都一致。主印官员处死，副手以下杖责一百，充军流放。钱谷册书的审核要通过府、省、部三级，主管地方印信的主官以及经历三层审核在空印文书署名者皆被卷入，方孝孺的父亲方克勤身为正四品济宁知府，因此案被捉拿处死。郑士利的兄长郑士元身为正五品，是湖广省按察使的辅佐官，被杖责一百后流放。
空印案的涉案被杀人数以及案发时间都存在争议。有人说在空印案中有数以百计的官员被处死，也有说空印案和郭桓案或连坐罪被杀的人多达七、八万人。学者认为空印案牵连的人数应该超过千人。案发时间综合多方记载，洪武九年更为可信。
空印案发后，朱元璋填补了相关漏洞。他将有关条陈写进大明律法，制定了各种违反公文制度的条款十五条，规定将军、总兵官、五军都督府、六部、都察院盗用印信及空纸用印者皆处以绞杀；
布政司、按察司、府州县衙门者杖一百，流三千里；其余衙门者杖责一百，关押三年。此外，朱元璋为避免空纸用印再犯，还实行了半印勘合制度，规定凡文书纸上均须加盖半印（即官防官印）以便核对，加强了明政府对地方行文的控制，完善了明代的文书用印制度。
此案过后，朱元璋于洪武九年改行中书省为承宣布政使司，并设置提刑按察使司和都指挥使司，分散了一省的司法权和军权，三司都需听命于中央，保证了中央政府对地方的控制权，对加强中央集权起到了一定积极作用。
朱元璋严厉的惩处方式也产生了消极后果。不少士人害怕惹祸上身而不愿做官，有的甚至诈死以求辞官。官员在任职时只求无祸，遇事推诿，导致官场弊病丛生。
胡惟庸早年投身朱元璋麾下，起初只是个不起眼的小吏。但他善于察言观色，巧言令色，逐渐获得朱元璋的赏识，在仕途上步步攀升，最终登上左丞相之位，成为朝堂上权势显赫之人。
胡惟庸大权在握后，愈发肆意妄为。在政务处理方面，他擅自决定江南地区的税收政策，未获朱元璋批准便私自增加税额，导致百姓负担沉重，苦不堪言。据当时户部的统计，江南地区因胡惟庸私自加税，百姓每年多缴纳的赋税多达数百万石粮食。
在官员任免上，胡惟庸只看关系和贿赂。杨士奇，本是才华横溢、清正廉洁之士，却因拒绝向胡惟庸行贿，被其打压，贬至边远地区任职。而毫无才能的赵德，因向胡惟庸行贿十万两白银，竟被任命为重要地区的知府。据不完全统计，被胡惟庸打压的正直官员多达两百余人。
在案件处理上，胡惟庸肆意偏袒自己的党羽。富商钱广进杀人一案，证据确凿，胡惟庸收受贿赂后，颠倒黑白，让钱广进逃脱罪责。他还私自扣下众多对自己不利的奏章，使得朱元璋无法了解真实的民情和政务。据宫廷内档记载，被胡惟庸私自扣下的奏章多达上千份。
胡惟庸的种种恶行严重破坏了朝廷正常的政治秩序和官员选拔机制，官场风气极度败坏。
他还专权跋扈使得皇权与相权的矛盾激化到顶点，促使朱元璋下定决心废除丞相制度，加强皇权。
1380 年，朱元璋以“谋不轨”罪诛杀宰相胡惟庸，御史大夫陈