身份受命帮办湖南团练，组建湘军与太平天国进行了长达十余年的激烈战争。
曾国藩领导的湘军士兵以营官自招为原则，营官招募的士兵多为同乡、亲友等关系紧密的人。这种招募方式使得湘军内部人员之间联系紧密，凝聚力较强，士兵对营官忠诚度较高，形成了一种严密的隶属关系。但也在一定程度上造成了湘军内部派系林立的现象。
以营为基本单位，直接受“大帅”统辖（后增设统领，各统率若干营）。这种层级分明的管理体系，保证了军队指挥的高效性，使得曾国藩能够有效地掌控全军。
湘军的将领中有不少是接受过儒家教育的知识分子，如曾国藩本人就是进士出身。这些将领具有较高的文化素养和战略眼光，能够更好地理解和执行曾国藩的军事战略和战术安排。
湘军的士兵主要来自湖南，湖南人性格坚韧、勇敢好斗，具有较强的战斗力。同时，由于士兵们来自同一地区，语言、文化和风俗习惯相近，更容易形成团结协作的战斗精神。
曾国藩略仿明代平倭名将戚继光《纪效新书》中的戚家军兵制，并为其酌定营制、营规及种种章程。在训练过程中，注重士兵的体能训练、武器使用技能训练以及战术配合训练，提高了士兵的战斗素质。
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曾国藩以扞卫孔孟之道为口号，向士兵灌输儒家的忠君爱国、仁义道德等思想，培养士兵的忠诚意识和战斗意志。这种思想教育，使得湘军士兵在战斗中具有较强的精神动力，能够不畏强敌、奋勇作战。
通过宣传太平天国运动对传统文化和封建秩序的破坏，激发士兵的仇恨心理和战斗热情，让士兵们认识到自己是在为保卫家乡、保卫国家而战。湘军到太平天国运动后期人数达到 30 万左右。
曾国藩组建的湘军在与太平军的多次战斗中逐渐占据上风，攻克了安庆、九江等重要城市，对天京形成了包围之势。
除了湘军之外，清政府还组织了其他地方武装，如淮军等，这些武装力量也在一定程度上配合了湘军的作战，对太平天国形成了包围和打击。
外国势力在太平天国后期逐渐倾向于支持清政府，向清政府提供了军事援助，包括武器装备、军事顾问等。例如，洋枪队的组建就是外国势力支持清政府镇压太平天国的体现，洋枪队在一些战斗中给太平军造成了很大的损失。
外国势力对太平天国进行了经济封锁，限制了太平天国与外界的贸易往来，使得太平天国的经济状况更加困难，无法获取必要的物资和资金支持。
1864年，洪秀全病逝，幼子洪天贵福继位。湘军成功攻陷天京。在天京被攻破后，李秀成和幼天王试图突围，但相继被害，至此太平天国运动在主要地区失败。
天京陷落后，太平军余部并没有立刻停止抗争。他们在赣、闽、粤边界地区继续坚持战斗，不过到了 1866 年春，这些余部被扑灭。还有一部分太平军与捻军相结合，在中原地区继续奋战，但最终在 1868 年春也被清军歼灭。将太平天国运动彻底镇压下去。
太平天国与清政府进行了长达十几年的激烈战争，双方在战场上投入了大量兵力，战争中人员伤亡惨重。导致了无数士兵和平民的死亡。
太平天国运动期间，各地战乱频繁，社会秩序陷入混乱。土匪、强盗横行，百姓生命财产安全得不到保障。同时，农业生产遭到严重破坏，粮食短缺引发饥荒，进一步加剧了人员的死亡。
再者，清政府的残酷镇压也是重要因素。清政府为了维护统治，对太平天国进行了全力围剿。在镇压过程中，清军往往采取极端手段，对太平军及支持太平天国的地区进行大规模屠杀和破坏。
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