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拿破仑这种维持军心的行为得罪了不少人，大部分军官都聚集在具有同情心的医疗队军官德热内特医生周围——他现在和大家一样非常蔑视拿破仑，若不是医生的职责需要他留下的话，他肯定会毫不犹豫地离开埃及。主医官拉雷的情况也是如此，在和拿破仑为医院的条件以及为退役回家的伤残士兵发放医生证明方面的问题大吵一架之后，总司令部和医疗队的关系迅速恶化（次年，拿破仑离开埃及时将德热内特医生和拉雷留在埃及，以此作为报复）。
尽管拿破仑严令不准退役回家，一位有才能的炮兵军官格罗伯特还是在医生的帮助下成功地获得了回法国的医生证明，拿破仑痛斥这个想逃脱自己魔爪的军官为“懦夫、叛徒和毫无责任感的人”。于是，拿破仑加强了发放准许回家的医生证明的控制。同时，拿破仑绝不允许自己的军队里充斥着满腹牢骚和游手好闲的人，他说这样的人是“不愿以军人为荣者。让他们离去吧。我甚至会为他们大开方便之门，但我绝不允许他们以装病的手段来试图摆脱在这里和我们大家同甘苦共患难的命运”。正因为拿破仑的这种观点，在发现军需官索西贪污欺诈的罪行之后，拿破仑立即将他遣返了。拿破仑还将索西的情况通报了全军，认为这有利于使士气低落的军队为之一振。至于已经将行李运到亚历山大的格罗伯特团长，拿破仑亲手撕碎了他的医生证明，将他发配到多马丁将军驻守的凄凉的萨尔赫亚边远前哨。
当得知拿破仑亲手撕碎了自己开的证明时，德热内特医生执意要到司令部去见拿破仑，结果导致一场激烈的争论，这是拿破仑很不习惯的。正如他在处理克莱贝尔和迪马将军的问题时一样，医疗队的军官和拿破仑之间的关系也再不能恢复到原来的程度了。总司令每天都在堵死自己的后路。
虽然拿破仑继续信任蒙日，但他在自己可能带上少数心腹离开埃及回法国的问题上，还是对蒙日有所保留的。拿破仑将这件事对蒙日透露了多少，我们不清楚。无疑，蒙日非常清楚地知道约瑟芬与夏尔闹得满城风雨的丑闻使她的丈夫成了东方军中许多下流玩笑的目标。他也知道将军之所以要炫耀他和波利娜·富雷丝的关系是为了报复（和他后来将情妇秘而不宣大相径庭）。法国舰队在阿布基尔海战失败后，拿破仑于9月1日通知了冈托姆，要他将三四艘逃进亚历山大港的战船重新武装起来，随时准备出海。接着，他给亚历山大拨款，将这件事视为头等大事，因为不管怎么说，拿破仑毕竟还是希望回到法国去对付约瑟芬和督政府；但问题在于法国舰队失败的影响越深，他越是认识到需要建立新的功勋以便确保在他推翻法国政府时获得必要的支持。
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第十章 蒂沃利花园和其他（4）
法国舰队被击溃后，拿破仑也对封锁亚历山大海岸的英国舰队进行过谨慎的通信联系，企图达成某种停战协定或和平协议，但遭到负责封锁开罗的高级海军军官塞尔·霍德的拒绝。蒙日还鼓励拿破仑与土耳其政府维持和谈，同时，拿破仑还从水路和陆路向奥斯曼苏丹派出信使，旨在表明法国人在埃及有助于土耳其反对奥地利、俄国和英国。这当然是无稽之谈，双方心里都很明白；再说，在埃及也找不到一个英国或俄国的士兵。
8月22日，拿破仑命令他的少校军官卡尔梅·博瓦辛取道阿麦特帕斯卡到叙利亚和外号“屠夫”的土耳其首领德加查会谈。但是，到达雅法时，德加查的儿子对待少校傲慢而粗暴，甚至不准许他上岸。9月11日，博瓦辛回到开罗告诉拿破仑这个坏消息后，他又派出上校马伊·德夏托布里昂只身一人去同土耳其军队联络。可悲的是，这个年轻的军官在阿克被土耳其人用铁链锁上后投入了阴暗的地牢，不久就被德加查斩首。
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