何一方修建运河工程的财产不受侵犯，运河完工时，双方将保护它，使其不受阻碍、劫夺或不公允的没收，双方共同保证运河的中立，以使该运河永久自由开放，所投入的资本稳固可靠。通过这一条约，美国排除了英国以武力独占运河的危险。
然而，《克莱顿－布尔沃条约》是一个充满妥协和折衷的外jiā文件，存在许多漏dòng，它虽然使未来的巴拿马运河中立化，但文字含糊不清、模棱两可，执行中存在极大的争议。1850年，美国耗资750万美元在巴拿马地峡修建连接两大洋的铁路，历时五年完工，1849年，一家美国公司准备开凿以格雷敦为终点的横贯尼加拉瓜的运河时，英国人援引《克莱顿－布尔沃条约》，指责美国侵犯了受英国保护的印第安人莫斯基托王国的合法权益，致使工程下马，这个挫折让美国人认识到在巴拿马地峡开凿运河才是一个最合算的选择。但是，美国和新格拉纳达的关系越来越差。
按照美国与新格拉纳达签订的条约，从1846年起，美国公民获得穿过巴拿马地峡的权力。于是，á水般涌来的美国游客带来了美元，但在对北方强邻怀有恐惧的巴拿马人看来，这种经济上的输血却几近侵略，1856年更是发生了一起流血事件：当年4月15日，一名美国人在巴拿马火车站购买西瓜时与摊主发生纠纷，拒付货款，双方遂起争端，由于围观的巴拿马人和美国人情绪jī动，冲突很快演变成一场持续数小时的枪战。作客的美国人自然难讨便宜，死伤31人，巴拿马方面伤亡15人。
事件发生后，美国的特派全权专使警告新格拉纳达政fǔ：如果拒绝迅速赔偿损失，美国将立即占领巴拿马地峡。对此，新格拉纳达总统的回答很简单，但却形象地反映了弱小民族的微妙心态：硬要使任何一个地峡的过客有权向我们的公民开枪，而我们的公民必须逆来顺受，这是极不公平的，也是横行霸道的，容忍这种屈辱的民族是不配生存的
然而，爱国的冲动和jī情的表白无法掩饰国家的虚弱。7月，2艘美国巡洋舰“独立”号和“圣玛丽”“号驶抵巴拿马，9月19日，160名美国海军陆战队员登陆，占领了巴拿马火车站，这才让jī动的新格林纳达政fǔ平静下来。
1857年2月，两国开始谈判，美国代表提出巴拿马城与科隆城应成为自治的自由港，两国共管以巴拿马铁路为中心的宽约40公里的地峡，巴拿马湾的某些岛屿要割让给美国，赔偿美国公民在事件中的一切损失。美国代表也表示，如果新格拉纳达政fǔ接受这些条件，美国愿支付200万美元作为补偿。然而，新格林纳达政fǔ显得毫无诚意，除赔偿外，它拒绝接受其它条件，谈判一直拖延到1865年美国南北战争结束后，才正式达成条约，而这个时候，两国于1848年签订的条约已经即将期满。
1867年1月23日，1848年的条约行将期满，已经改名为哥伦比亚合众国的新格拉纳达照会美国，要求重新谈判。12月，哥伦比亚将新约草案jiā给美国审议，该条约规定：哥伦比亚同意美国承建巴拿马运河，提供修建运河的地区，对未来运河的中立，由两国实行共同防御，但此时的美国忙于南北战争的重建和1868年的总统选举，因此迟至1869年1月14日，条约才正式签署。
按照这份新约，哥伦比亚将巴拿马运河开凿权及运河地区租让给美国，租期100年，期满后归还哥伦比亚，美国政fǔ不得将租让权转让给它国，仅可转让给sī营公司。浮躁的哥伦比亚舆论认为条约迁就了美国的利益，群情jī奋，3月，哥伦比亚国会否决了这个条约。
1870年1月，两国签订了一个补充条款，规定美**舰可以随时通过运河而对美国的jiā战国则实行关闭政策，哥伦比亚舆论又认为这一条款事