但在朝明军将领却表达了不同意见，认为应该继续留守，以应其变。
万历皇帝倾向于利用战场上的胜利进行撤兵和谈，他虽然说明了在朝鲜留守明军对于和谈有重要作用，但后来因为各种条件的现实，明军未能留守，万历皇帝下令朝鲜国王还都王京，整兵自守，明军“以次撤归”。
就这样，明朝没有抓住战机乘胜追击，反而撤兵回国，给了侵朝日军以喘气的机会，使得战争时间延长。
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七 不该发生的议和
公元1593年6月，日军因海战屡次失利，陆战受压制，补给不继，为保全最后战果，决定议和解决。
7月，万历皇帝下诏赴朝军队回国，并对日本进行“封贡”事宜，于是明军主力退过鸭绿江，只留副总兵刘铤及游击将军吴惟忠率领七千六百人留守朝鲜，扼守要塞。后来再撤吴惟忠部，只留刘铤带领数千川军驻守。12月，万历皇帝下诏命令蓟辽总督顾养谦兼理朝鲜事宜，并召回宋应昌、李如松，下令明朝大兵从朝鲜完全撤退，只是象征性地予以提醒：“倭情狡诈，未可遽称事完”。
公元1593年5月8日，丰臣秀吉在名护屋会见明朝使团，并提出所谓的“日本、大明和平条件”七条：
一、迎娶明朝公主为日本皇后；
二、继续发展勘合贸易；
三、日、明双方武官永誓盟好；
四、朝鲜王京及北方四道归还朝鲜，南方四道割让给日本；
五、朝鲜送一王子赴日作为人质；
六、交还日本俘虏的朝鲜两位王子及其他朝鲜官吏；
七、朝鲜大臣永誓不叛日本。
实际此次会谈就在沈惟敬和小西行长之间展开。
沈惟敬个人答应了丰臣秀吉“七条建议”，但他却对同行的其他明朝使者称丰臣秀吉同意向明朝称臣，请求封贡，并退出侵朝日军。而小西行长则对丰臣秀吉汇报说，明朝使者已经同意了“七条建议”，只需要派出日本使者去往北京请明朝皇帝最后批准。
就这样，在双方谈判代表进行一番欺上瞒下的交易之后，公元1594年10月，日本派出使节小西如安随同沈惟敬由釜山来到北京城。
小西如安来到北京之后，与兵部尚书石星进行了会见，爽快地答应了石星所提出的三个条款：
一、日军在受封后立即撤离朝鲜半岛和对马岛；
二、日本只可受封但不许求贡；
三、与朝鲜永世修好。
而沈惟敬也早已私下炮制出假冒的日本降表。
朝廷上下大为满意，君臣们并不清楚沈惟敬答应日本的不仅是册封一事，对丰臣秀吉的七项条件也蒙然无知。甚至“大司马石公徒欲取效目前，不暇深考，竟不知日本为何国，关白为若何人”——连兵部尚书石星这样的朝廷重臣连日本是哪个国家，“关白”是干什么的都不知道。其他朝廷大臣也是只凭揣摩，不知所以，大谈封贡，堂堂大明朝，号称远播天威于海外，对日本这样一个近在咫尺的邻国的了解程度甚至不如九百年前的唐朝。
万历皇帝立即答应册封丰臣秀吉为日本国王，并按小西提供的名册封赏其他日本大臣。
在公元1595年1月，北京派出使者赴日封赏，沈惟敬一同前往，所携带的诏书内容如下：
奉天承运皇帝，诏曰：
圣仁广运，凡天覆地载，莫不尊亲帝命。溥将暨海隅日出，罔不率俾。昔我皇祖，诞育多方。龟纽龙章，远赐扶桑之域；贞珉大篆，荣施镇国之山。嗣以海波之扬，偶致风占之隔。当兹盛际，咨尔丰臣平秀吉，崛起海邦，知尊中国。西驰一介之使，欣慕来同。北叩万里之关，恳求内附。情既坚于恭顺，恩