应归还给马耳他骑士团，并保证马耳他的独立与中立；英国必须退出它在地中海和亚得利亚海占领的所有港口和岛屿；法国应从埃及和罗马撤退，把罗马和其他教皇领地归还给罗马教皇。
这一条约的签订，英国深感沉重，他们没有能够从拿破仑手里夺得他占领的欧洲任何一块地方。然而，英国并不是战败国，只是由于孤立，才被迫作出这样重大的让步。英国作为海上统治的霸主决不能容忍海上霸权的任何削弱，特别不能容忍削弱它对欧洲大陆的影响，所以，它并不准备履行和约条款。拿破仑心里也十分清楚，英法和约只是英法长期战争中的一个短暂的休战，他毫不怀疑英国会随时出来破坏和约。他作好了再次战争的准备。
亚眠和约虽然只是一项停战14个月的条约，但这项条约却巩固了拿破仑的权力，他得意地看到以前对他态度傲慢的英国，如今也把他当作法国政府首脑对待，他的荣耀和权力在不断上升。一次他和秘书在马尔梅松散步时，他说：“布里昂，你也将永垂不朽了！〃〃为什么，将军？〃〃你不是我的秘书吗？〃〃告诉我亚力山大秘书的名字。〃秘书反问道：”哦，这倒不坏！〃拿破仑笑了。看得出，他对这番对话颇为满意。
和平给了拿破仑余裕。1802年1月7日，约瑟芬的女儿奥唐斯。博阿尔内小姐与拿破仑的弟弟路易。波拿巴举行了婚礼。第二天，拿破仑出发去了里昂。在那里，内阿尔卑斯共和国的议员们在等着他选举总统。一路上他受到了热烈欢迎。抵达里昂后，他受到了邻近各省的立法团和议员代表以及意大利议员的拜谒。陪同前往的波拿巴夫人跟丈夫一起观看了演出，同他分享里昂市为他组织的盛大庆祝活动的欢乐。26日，拿破仑如愿以偿地获得了内阿尔卑斯共和国总统的头衔，他朝伦巴第主权又大大地前进了一步。
回到巴黎后，拿破仑开始考虑制定宗教信仰法。在此之前，一派有势力的人曾向拿破仑倡议同教皇决裂，建立一个独立的法国天主教会，其首脑应住在法国。并指出这样做可以使第一执政的权力大大增强。可拿破仑却不以为然，他说：“我相信，法国一部分是要成为新教徒的，尤其是我要赞助那个倾向的话。我也确信，法国大部分仍将信仰天主教，他们会热情百倍地反对同胞分化。我只须恢复法国原来盛行的宗教，再给少数人以宗教信仰自由，就能使每个人满意了。〃拿破仑本人并不信仰任何宗教，但却深通心理战略，他十分清楚地认识到教会仍能左右群众的情感。法国境内还有4万名僧侣，他们对人民的心理足以发挥强大的影响。为了使自己的政权获得强有力的支持，拿破仑决定与天主教合作。1801年7月15日，拿破仑关于重建天主教信仰一事同新教皇庇护七世达成了政教协议。一个月后，《箴言报》发表了一项告示，措词如下：”明天，热月27日，即8月15日（星期日）是圣母升天节，届时，巴黎圣母院教堂和各教区教堂都将举行感恩赞美诗歌诵会，以示广施恩德……。〃人们不敢相信自己的眼睛，这些曾被革命风暴扫除的历史垃圾如今重又出现在法兰西共和国的官方报纸上，人们不由得感叹革命早已成为往事。
1802年4月，立法院通过政教协议和教会组织条例。4月11日，庄严的《赞美上帝颂》在巴黎圣母院演唱，这华丽壮观的仪式吸引着无数听众，拿破仑与许多将军也驱车前往。第二天，拿破仑问起奥热罗对仪式作何感想，这位将军答道：“全都非常好，什么都不缺，只少了为推翻你现在正建立的东西而死去的千百万人。〃拿破仑颇为不悦。
拿破仑要利用亚眠和约所带来的短暂和平来巩固法国对殖民地的统治。早在督政府时代，圣多明各岛宣布脱离法国独立，著名的黑人领袖杜桑。卢维杜尔在这个岛上建立了巩固的领导地位。权力日升的拿破仑决定派兵远征