清朝，封建等级制度森严的最后一个王朝，宫廷宛如一座神秘而威严的城堡。紫禁城，红墙黄瓦，庄严肃穆，宫殿巍峨耸立，彰显着皇家的无上权威。宫廷的庭院中，绿树成荫，偶尔传来几声鸟鸣，与宫殿的威严相得益彰。
西晋皇帝的皇后难产，请来王叔和诊治。王叔和想方设法治好了皇后的病，皇后顺利产下了皇子。皇帝感知王叔和医术高明，便留他在皇宫当太医，后又任命他为“太医令”，主持太医院工作。
许绅是明代嘉靖年间的太医院院使，在“壬寅宫变”之后救活了嘉靖帝，因此飞黄腾达，不仅担任太医院院使，还兼任礼部尚书，被封为太子太保，成为历代御医官职最高的一位。
清朝太医院正式设立于顺治元年（1644 年），沿用了明太医院旧址，位于正阳门以东的东交民巷内。最初设立时，设置院使和左、右院判共三人，用来管理太医院的日常事务。这一时期主要是初步搭建起太医院的管理架构，为宫廷医疗服务奠定基础。
在清朝道光皇帝起，给皇帝看病，就明令禁止使用针灸，原因是皇上的龙体外露有失尊严。御医平跪着给皇上诊脉，不敢抬头仰视，更不敢让皇上伸出舌头看舌苔，也不敢放肆地询问二便如何。
这种情况下，御医对皇帝的病情诊断可能会受到诸多限制，有些情况即便有所察觉可能也不敢如实说出来。比如皇帝可能有一些难以启齿的病症，御医往往不敢直言，只能采取较为隐晦的方式去诊断和治疗，以免触怒龙颜。
到光绪年，太医院的医官除院使和院判外，主要分为四个级别。第一等称为“御医”，人数非常少只有十三人，一般为七品官吏；第二等称为“吏目”，只有二十六人，八品与九品各十三人；第三等叫医士，共二十人，“给从九品冠带”；第四等叫“医生”，有三十人，五品。其中只有前三级的医官可以独立看病，即有处方权，第四级的“医生”相当于现代医院里的助理医师，即见习医官不能独立看病。
太医院分有大方脉（成人内科）、小方脉（儿科）、伤寒、妇人、疮疡、针灸、眼、口齿、正骨等科，各医官专一科，分班侍值。这使得宫廷医疗服务更加专业化，能够针对不同病症和人群提供专门的医疗服务。
太医院不仅负责宫廷人员的看病诊治，还要贯彻落实皇帝有关医疗事务的诏令，承担医生的培训考试等工作。在太医院的组织下，医官们需要不断学习和研究医学知识，以提高医疗水平。
太医院还负责为文武会试、顺天乡试等提供通晓医理的人员。为刑部监狱选派医生。以及奉旨为诸王、公府及文武大臣、外藩、公主、额驸及台吉大臣和军营等差官医治。
在为皇帝煎御药时，太医与内臣要一道监视，待药煎好后，分别倒入两杯中，一杯先由主治御医先尝，后由院判、医官、煎药太监依次饮尝，另一杯则进呈皇帝服用。这种严格的制度旨在确保皇帝用药的安全，但也增加了太医的责任和压力。
太医院药材的来源主要有四个方面，包括征收各省出产的药材、京城老店配料、地方“土贡”以及外国馈赠或海关进口。这保证了太医院有充足且优质的药材供应，能够满足宫廷医疗的需求。
清末由于社会动荡和列强入侵等原因，太医院的办公地点几经变更。光绪二十六年（1900 年）后，院址被划为俄国使馆，太医院只得借东安门内大街御医白文寿住房为公所。翌年，又移至东安门北池子街大悲观音院为公所。后来在光绪二十八年（1902 年）于地安门东大街新建署，但新署面积只有旧署的十分之一。
清朝政府比较重视医籍的整理及大型类书、丛书的编纂工作。乾隆年间在太医院成立纂修医书馆，主持编纂医书。乾隆八年（1743 年），纂修《医宗金鉴》