自万历朝鲜之役后，中国就再也没有过大规模远程海路运兵的经验。康熙年间施琅征台，要跨越的，是较窄的台湾海峡，其难度和远征日本是没法比的。而且，近代军队的后勤保障。比施琅那个时代的军队要复杂得多。
这件事妥妥当当地办下来，不但轩军补上了一块紧要的短板，整体作战能力更上层楼；就整个中国而言，也可以算是在近代化的道路上，跨过了一道重要的沟坎。
是次征日。将在上海建立后勤支援基地。各种军需物资，主要由两江负责。曾国藩办粮台，是可以放一百个心的，而且曾国藩很晓事，知道轩军军制与湘淮大不相同，也就会有不同的要求，因此已经向轩军要求。提前派人入江宁两江总督幕，“以备咨问”。
关卓凡曾经考虑过要不要借着这次征日，趁机把两江总督这个位子拿过来。终于还是觉得火候不到，太急吼吼了，曾老头的脸上实在不好看，最后做罢。
之所以将后勤支援基地放在上海。是因为上海到长崎的航程是最短、最便捷的。而这次征日，中国军队的攻击方向只有一个，无需分路出击，所以，为方便后勤保障和统一调度。各部先汇集上海，然后从上海次第出发。
会议之后，轩军两个营的先遣部队，立即先行赴日。长崎派驻一个营，任务是建立接应和中转的基地；马关海峡对面的小仓城派驻一个营，任务是建立登陆马关的后勤基地。
上海基地、长崎基地、小仓城基地，统由总军需官贝灵格主责其事。
驻天津的主力部队，姜德率第四师第十三、十四团先行开拔，他们要先到江苏和新并入的第十七团、第十八团“合练”。
关卓凡带近卫团第二批出发，他要到上海，恭候“翁贝托国王号”和“杜里奥号”两位洋美人的驾临，接待一众英国顾问，然后，该发给福州船政局和海军学堂的，就发到福州去；然后，主持轩军海军的正式成军。
张勇率大部队最后出发，包括第三师全师，两个炮兵团，一个骑兵团，两个工兵营，以及伊克桑、郑国魁、安德森、施罗德等高级将领。
以这次征日为契机，关卓凡组建了中国第一支“海军陆战队”。实话实说，“海军陆战队”该怎么训练经营，关卓凡所知有限，具体事宜，要交给英国顾问来做。但兵员的选拔标准，关卓凡心里大致是有数的。首先，得会游泳吧？
轩军的兵源，华员之中，前期以江浙人为主，后期则以美国加州华工为主，而美国加州华工几乎全部来自广东、福建两省，就是说，轩军现有的人员构成，沿海地区人士占了绝大多数，所以，水性好的很多。
洋员之中，出身田纳西河、密西西比河附近，以及特拉华州、马里兰州等东部沿海州分的，有很高的比例，其中水性好的亦不在少数，有不少还干过水手，甚至出过远洋。
关卓凡发现，他拿来挑选做海军陆战队的兵员基数，居然相当不小。
而这个兵员基数，对进一步扩建海军，也有相当助益——可以直接从陆军中抽调部分合适人员。
海军陆战队将归属海军，亦将是第一批登上马关的部队。
这次军事会议，还通过了一个重要的决议：建立轩军的功勋制度。
现在朝廷的军功制度，不外是两条：给官、给银子。这是地道的农业社会“官本位”军功制度，完全不适合近现代军队建设的需要。关卓凡暂时还无法从国家层面对整个军功制度进行改革，只能在轩军内部先做起来，而且还得和朝廷的军功制度一起，玩“双轨制”。条件成熟的时候，才能以国家名义，把轩军的一套，推行于全军、全国；同时，逐渐废止旧有的军功制度。
近现代的功勋制度，起于欧洲，源于军事，但并不局限于军功。军事之外的领域，关卓凡