南至大连。于1897年8月和中东铁路干线同时动工，自旅顺向北、自哈尔滨向南同时铺设，1902年12月完工，1903年7月通车。
日俄战争期间，中东铁路支线旅顺至公主岭段被日军占领。而为管理南满铁路，日本于1906年11月26日成立南满洲铁道株式会社，总部设在东京。
这个南满洲铁道株式会社可不只是一个简单的铁路公司。而是日本在东北境内建立起的一套完整的管理机构的重要组成部分。与关东厅、关东军司令部、日本领事馆三大机构并列，分别从政治、军事、外交和经济等方面对中国进行全面渗透和控制。
“南满洲铁道株式会社”第一任总裁，曾在台湾当过台湾总督府民政长官，医生出身，却先后在台湾处死过33000多人，直接抹煞了台湾百分之一人口的后藤新平曾说，“日本在满洲必须重点经营铁路，其余依次为开发煤矿，从本土移民和发展农业、畜牧业。如此才能有实力与俄国再次进行决战，或者为全面占领中国作好准备。”直接点明了满铁作为日本侵华先头部队的身份。
而日后，在一系列的历史事件之中，满铁也确实体现了其对日本侵略的重要性。
1914年8月，第一次世界大战爆发。1915年1月18日，日本驻华公使日置益就晋见袁世凯，向中国提出“二十一条”，要求北洋政府承认日本继承德国在山东的一切特权；并意图把中国的领土、政治、军事及财政等，都置于日本的控制之下。此后日本通过武力威胁，发出最后通牒，最终在5月9日迫使袁世凯政府接受“二十一条”。二十一条中，第一条是要求北洋政府“承认日本继承德国在山东的一切权益，山东省不得让与或租借他国”。第二条就与南满铁路有关。日本要求将“旅顺、大连的租借期限”和“南满铁路、安奉铁路的管理期限”，均延长至99年。这些条款都是为了将日本通过战争侵占的利益法理化、最大化。
二十一条引起了全中国的反日浪潮，可日本还是得到了巨大的利益。之后，1931年9月18日晚上，日本“关东军”，按照预定的阴谋，将沈阳北郊柳湖附近南满铁路的一段路轨炸毁，反诬中*队破坏铁路，袭击日本军队。以此为借口，日军当即向沈阳进攻，6小时后，将沈阳全城占领，酿成震惊中外的“九。一八”事变。
可以说，在“二十一条”和“九。一八”事变之中，满铁虽然只是配角，但其重要作用已经体现无疑。那么，日本关东军的出现，到发展，就跟满铁有着巨大的关联了。因为，正是由于满铁，才有的日本关东军。由于在日俄战争中取得了胜利，日本又取得了在南满铁路沿线每10公里可驻兵15名的权利。于是，日军自1907年开始，在南满铁路便长驻有1个师团和6个铁道守备队，总兵力达一万余人。这就是后来席卷大半个中国的“日本关东军”前身。1919年4月12日，关东厅实行军政分治，以原陆军部为基础，另组成了关东军司令部，管辖南满铁路驻军。关东厅为最高行政司法机关，关东军司令部则为最高军事机关。至1931年，磨刀霍霍的关东军，在蛰伏12年后，策动“九。一八”事变，四个月占领东北全境，兵力急剧扩充。1931年关东军仅有3个师团，1932年达到6个，1933—1936年保持5个师团的兵力，1937年达到7个，1938年9个，1939年11个，1940年12个师团。到1941年日本偷袭珍珠港前，关东军的总兵力已经达到31个师团，人数上升到85万人，号称百万。
这支丧心病狂的军队，在华期间制造了一系列战争罪行，包括策划皇姑屯事件、发动九一八事变、扶植伪满洲国、组建731细菌战部队、制造了平顶山惨案、依兰大屠杀、老黑沟惨案、朝阳下五家子村惨案、通北县白家堡子村屠