港口时，天边传来的冲击波终于到了。宿舍区的房屋很快就被吹倒，各种杂物开始乱飞，一些同样感觉情况不对、提前跑出来的人也被吹翻在地，接着被废墟掩埋，或者被杂物击中、扑倒在地。美里的背上也被一块翻飞的金属片划穿，疼得她当场就晕了过去。
“坚持住，美里！”男人一把抱起美里，奔向停留在港口的考察船，也许是为了救自己的女儿，他爆发出了前所未有的速度，很快就到达了救生舱附近。
此时，整个港口已经没有几个站着的人了。
将美里放进救生舱，男人取下来挂在自己胸前的十字吊坠，喃喃说道：“活下去，美里！你一定要活下去！”
天空中是几支不断向上延伸的白色物体，它们如鸟翼一般缓缓舒展，散发出的白光把太阳的光芒都掩盖住了。在这背景下，父亲的身影是那么的渺小而脆弱，美里费力地想要睁大眼睛再看一看那张脸，但是舱门已经关上，随后又是一阵更大的冲击波传来，美里也失去知觉，昏了过去。
等到救生舱被打捞起来时，已经是事故发生的第二天了。美里作为唯一的幸存者得到了很好的照顾，但是也许是冲击太过剧烈，船上的人发现这个女孩虽然还保留着神智，但是似乎忘记了怎么说话，总是呆呆地摸着胸前的十字吊坠。
事后的调查工作持续了很久，美里也一直呆在船上。她的“失语症”又持续了两年，直到有一天，她突然开口，吓了周围的同伴一跳。那之后她好像变成了一个话痨，遇到谁都有说不完的话，这样的情况又持续了几个月。
最后，美里恢复了正常，除了腰背上留下了一道疤痕，和其他的女生没什么区别了。凭借着优异成绩，美里在2005年考入了第二新东京市的第二东京大学，在毕业后因为父亲的缘故加入了“人工进化研究所”，现在又变成了NERV总部的一名作战部长。
这就是名为葛城美里的少女与她的父亲的故事。