然而，布吕埃斯和他的舰队所受到的欢迎是短暂的。离家一年多的布吕埃斯刚刚登岸便接到拿破仑和军事委员会的命令：他所指挥的舰队经过补给和载兵之后，必须向未知的目的港，“立即起航不得延误”。雪上加霜的是，委员会还通知布吕埃斯，由于海军经费空虚，无力支付他拖欠舰队9个月的军饷！
海军中将不顾坐镇巴黎的那些人的决定，坚持舰队需要修整的时间；更有甚者，舰队将补充在沿海强征入伍的士兵。这当然意味着大量未经训练的水手将进行这次远征，尽管有命令“尽量限制外国人”入伍也于事无补。此外，布吕埃斯还做出了非同寻常的决定：清除不称职和不服从命令的海军军官，包括5艘军舰的舰长。还有，布吕埃斯拒绝接受3个月的修整期，坚持要经过6个月的修整之后才能出海征战。训练成千上万强征入伍的水兵是一件麻烦的事。舰队的纪律必须得到维持，布吕埃斯据理力争，现有的对整个舰队中普遍存在的不服从军纪的军官和水兵的惩罚条例过于宽松。革命中诞生的军事法庭陪审团制度应予以取消，应赋予舰长更大的权力，“包括在战争中有权对怯弱者处死的权力”。至于临阵逃脱的水兵，必须“就地予以正法”。对动摇军心者更应严惩不贷。“我们面对着舰只数量3倍于我们的强大而训练有素的敌人，”他用非常逆耳的语言对巴黎的海军领导总结道，“我们打算进行的战役，对我们是有决定性的。要么我们的海军蒙受耻辱，要么我们成为欧洲最强大的海军力量。归根结底，整个远征的胜败取决于压倒对手的制海权。”
除了海军舰队的组建混乱无序，还有一些非常奇怪的延误因素。例如：拿破仑总司令还要带上法文、希腊文和阿拉伯文的排字模板，远征军里还编入了大量学者，包括天文学家、数学家、博物学家、地理学家、化学家、建筑师、各种东方语的翻译、道路和桥梁工程师，甚至还有一位热气球专家以及一位才艺出众的艺术家。
成千上万的队伍很快集结于马赛和土伦地区，他们大部分是从莱茵河乘船而来。当军队的主计官从巴黎寻找第一批数百万法郎的薪金支付时，在财政上身无分文的拿破仑下令瑞士占领军从瑞士国库强行提取300万法郎，用船护送到里昂。的确，除了最基本的军需物资，如鞋袜、步枪（在刚补充的12；000枝步枪中就有10；000枝是坏的）、大炮、炸药以及运兵船只等奇缺之外，影响、限制和延误陆军和海军战备的最大因素是没有资金（尽管拿破仑和塔列朗都曾当面保证过资金无虞），仅马赛军港一项就需要耗资5；837；377法郎。同时，刚从契维塔韦基亚过来督促备战的蒙日惊愕地发现调兵的工作几乎停滞不前，他要拿破仑立即拨给250万法郎。在科西嘉也是如此，当地军需部门拒绝合作，除非以前拖欠的经费得到立即支付。法国舰队的情况也好不了多少：他们仍然欠着过去9个月的180万法郎的军饷。布吕埃斯不得不向拿破仑恳求资金。尽管如此，布吕埃斯仍然百分之百地支持拿破仑，不仅对他大加赞扬，而且“保证全力以赴争取远征胜利……效忠共和国政府”。
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第五章 决定（3）
尽管授权数百万法郎的开支，购买大量军火武器，向地中海沿岸大规模集结兵力，抢修和建造船只，以及强迫征用200艘以上的民船；但是，直到1798年4月12日，督政府才正式签发命令。在卢森堡宫，督政府将这支军队定名为“东方军”，任命“公民拿破仑、现英格兰方面军司令”为东方军统帅；同时下达命令，确认拿破仑率领的这支军队将“进攻埃及并占领这个国家”；同时，命令他“将英国人从他们在东方所占领的地方或其他地方驱逐出去……摧毁他们在红海的商业基地”。他必须“切断（保障）苏伊士运河