尽管沿路抢劫，军需仍然匮乏，军费比来时减少了1/3。被征服的国家不断发生反叛，开罗成了灾难的起点，大瘟疫每天都夺去埃及人和法国人的生命。他的舰队被击沉。他的貌似辉煌却构思拙劣的远征完全失败了。
希望幻灭的拿破仑·波拿巴于6月14日回到了开罗的艾兹拜基耶广场上的宫殿。在开罗拿破仑也没有得到任何他希望的、出乎预料的好消息。相反，奥斯曼帝国的小舰队在西德尼·史密斯率领的皇家海军分舰队的保驾下，现在已经来到了海上，据报告正在向亚历山大进发。拿破仑不得不再一次靠他的军队和大海来抵御敌人的进攻，然后，他将从海上回到法国。拿破仑早已事先秘密安排了三桅快帆船，6月21日，他命令新任命的海军司令冈托姆赶紧备妥船只和粮食。拿破仑将把一支所剩无几的残破军队留在埃及，同时，由于6月埃及科学院的第一次重开的结果，他还要将那支医疗队也留在埃及。
拿破仑要求组成一个委员会报告叙利亚战役中法国军队所遭到瘟疫的影响程度，以便通过这样的统计说明大量人员伤亡的原因。通过这个报告他将推卸自己的责任，而医疗队将承担军队减员的主要罪责。这对于德热内特医生来说是太过分了——他跳起来指责拿破仑亲自命令他毒死了成千的伤员和瘟疫患者，而不将他们带回埃及治疗——他只愿为医疗队本身的责任负责，他指责拿破仑是要将罪责“加到每个人的头上”。他当场提出辞职，要求退役返回法国。拿破仑则当场拒绝了他的要求。他将这个医生留在了埃及，虽然拿破仑以后最不愿意在埃及见到的就是他。
返回巴黎后首要的也是最头疼的事情是如何解释当前的形势，拿破仑在报告中说：“叙利亚战役的最大的成功是，我们完全控制了整个沙漠地区，其结果我们在这一年内挫败了敌人侵略我们的计划……我们在这里建立了牢固的基础。”事实上，拿破仑在阿尔拉什的前哨基地并未得到巩固，整个埃及，包括埃及南部占全国2/3的领土都还没有在法军的控制之下，因为驻守这些地方需要军需后勤的供给和足够的军队。拿破仑承认瘟疫流行已经波及亚历山大和雅法，但他报告督政府瘟疫并没有影响开罗和埃及的其余地区。事实上，几个月来开罗的医院里收容的瘟疫患者已经是人满为患。拿破仑承认法军损失了5；344人，为此，他提出急需补充至少6；000人的生力军。他说如果给他15；000人的话，“我们便可以打到任何地方，甚至打到君士坦丁堡”。他要求增加100名医生和外科医生。 他指出目前的人数不足于对抗敌人发动的海陆联合进攻，“如果不能按照我的要求派来援兵，那么我们这里只能求和”。
一个月后的一个傍晚，一名阿拉伯使者带来了驻守亚历山大港的马尔蒙的一份紧急报告。这天，1799年7月11日，土耳其军在英国和俄国舰队的保护下，已经抵达阿布基尔湾，穆斯塔法·帕萨的15；000人马已经登陆上岸。阿布基尔要塞和阿布基尔后面的一处堡垒都已经落入敌军之手，驻守的法军全部被俘，亚历山大遭到猛烈的炮轰。易卜拉欣贝伊军在加沙重新集结，南面的穆拉德贝伊军正在威胁开罗。拿破仑必须刻不容缓地率领他的10；000多人开往前线。
拿破仑于7月15日指示德塞：“如果登陆行动果然十分重要，你应该放弃整个上埃及，只留下少数人据守那里的要塞”，“将我刚才从亚历山大得到的消息立即转告雷尼尔，命他立即集结队伍”。拿破仑命令贝尔蒂埃立即将同一消息填报克莱贝尔将军（现在在达米亚塔）和其他人，同时拿破仑带领军队向亚历山大进发。他命令迪盖将军将关押在开罗的数千战俘秘密处决，尽量不要引起公众的注意。同时，拿破仑命令