這時，總督里維拉看到鎮壓已無希望，便向起義者誘降。阿奎那多在殖民者和買辦資產階級的威脅和利誘下，欲與敵妥協，於12月14日與殖民當局簽訂了《破石洞條約》。阿奎那多從西班牙人處得到80萬比索，同意繳械投降，自動解散政府，然後流亡香港。菲律賓獨立戰爭遇到了暫時的挫折。但是，菲律賓人民爭取民族獨立鬥爭並未停止。起義軍中不願投降的將領馬卡布洛斯等人率軍反攻，解放了菲律賓中部的廣大地區。
正當菲律賓人民同西班牙殖民者進行艱苦戰爭之際，美國發動了對西班牙的戰爭。這樣，美國軍隊也參加了在菲律賓對西班牙的作戰，並插手菲律賓獨立戰爭。1898年5月2日，美國海軍在馬尼拉灣殲滅西班牙艦隊。不久阿奎那多乘美國軍艦返回菲律賓。阿回國後，即號召菲律賓軍隊向西班牙殖民軍發起進攻。至5月底，菲軍攻占了甲米地全省，全殲西軍2800人，俘獲西軍司令培尼亞將軍。6月12日（即今菲律賓國慶節）阿奎那多在甲米地發表獨立宣言，宣布菲律賓獨立，成立了以阿為首的中央政府。到1898年8月，除馬尼拉和南部某些地區外，菲軍幾乎解放了全部領土。這時，美軍卻阻撓菲軍收復馬尼拉，在私下裡同西班牙總督達成秘密協定，西班牙把馬尼拉&ldo;轉讓&rdo;給美國，由美海軍陸戰隊在馬尼拉登陸，並迫令菲軍撤出馬尼拉地區。儘管如此，菲軍在各地繼續向西班牙軍發動進攻。1898年9月15日，菲議會在馬拉洛斯舉行，制定了憲法。11月29日，菲律賓通過了憲法。1899年1月23日，菲律賓共和國宣告成立，阿奎那多任總統，馬比尼任內閣主席。菲律賓共和國的成立，標誌著西班牙在菲300年的殖民統治的結束。菲律賓獨立戰爭中的反西班牙戰爭，以菲人民的勝利而告終。
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