一方是训练有素的12万多正规军，一方是实际能战斗者只有1万多人的老弱之兵。幕府军以众打寡，显然胜负是明摆着的。是为“岛原之乱”。
然而，教徒军的城池就是久攻不下。原来幕府派来的板仓重昌在元旦之战中战死，那一战幕府军死伤4000余人，起义军死伤还不到100人。这回幕府派来的松平信纲又来继续围城。
农民们没有活路了便揭竿而起，这就打乱了幕藩政治的封建秩序，在他们看来就是“犯上作乱”。那么，“岛原之乱”是如何发生的呢？这要从基督教传到日本说起。 天主教初到日本是在1549年，登陆地点是鹿儿岛。天主教、基督教在九州已有近90年的历史，可谓根深蒂固。之所以鹿儿岛一带教会大行其道，主要原因有，如地处偏远，中央不易控制；此地土地贫瘠，收获不丰，而领主租税繁重；加之，领主幕府镇压手段过于残酷等等。
当年丰臣秀吉平定九州时，曾看中一个有马领内的美女，便要将其带回大阪，而此女是个虔诚的教徒，力陈丰臣秀吉做法有违一夫一妻教义，坚辞不就。当然，丰臣秀吉已有宁宁和300多个美女，但当时的世道是强者可以为所欲为，一个普通女人居然敢不服从“关白”的命令，恼怒的丰臣秀吉发布禁教令据说与此有关。再则，当时禁教之所以不彻底，一方面是丰臣秀吉忙于南征北战，另一方面则是牧师们暗中得到了岛原半岛领主有马晴信的庇护。后来德川家康在关原之战打败丰臣秀吉后代势力后，将有马晴信处了死刑。不过，因为有马晴信之子有马直纯从小在德川家康身边长大，又娶了德川家康曾孙女为妻，所以德川家康叫有马直纯继承了其父的4万石俸禄去当岛原领主。受宠若惊、感激涕零的有马直纯，虽然也是个教徒，但为报答德川家康厚爱，毅然退教，发誓要将天主、基督斩草除根。岛原教徒从这时起便开始了劫难。有马直纯大开杀戒，将不愿弃教者活活烧死，并叫其他教徒现场观看。可结果不怕死的教徒反而更增加了勇气。幕府看有马直纯治不了教徒，便把他调到日向（宫崎县），但他的很多部下不愿离开故乡，宁可落魄为浪人、百姓，这部分人后来反倒成了义军的力量。
接替有马直纯来岛原当领主的是丰后守松仓重政，此人是个筑城名人，到此地当然不满意日野江城，于是大兴土木要钱要工。这样，岛原人民受的是双重苦难——信教不准，还要无休止地出钱出工。不愿弃教者不仅遭到汤浇、火烧、投入大海，而且，还被丢进云仙温泉硫磺火山口活活熏死。不仅如此，租税也极其苛刻，种一棵烟草，收获烟叶的一半要上缴；种的茄子要预计结几个果，有时收成不好，收获的东西要全部上缴。
正当人们已经没有任何生机的时候，一个传说在岛原、天草不胫而走。原来1614年左右，一个神父在被迫离开日本时曾预言：“25年后当出现一位天童，是上帝再世，精通教义，谙魔法，他一定会拯救你们。”后来出现了一个人，他就是天草岛小西家武士益田好次的儿子四郎时贞，年方16岁。苦难中的人们成千上万地聚集在他的周围，形成了一股强大的力量。
战后，岛原、天草几乎成了无人区，幕府只好叫很多赞岐（香川县）的农民迁到这里。 幕府认为“岛原之乱”是教徒造反，决定彻底禁教。第二年的1639年，禁止葡萄牙船来航；2年后，又将荷兰商馆迁至长崎，禁止外国船员和日本人来往，从而，开始了长达260年的锁国政策。此期间，除荷兰、中国、朝鲜船外，和世界其他各国完全断绝了往来。
农民，利用信仰的力量有组织、大规模地反抗幕府封建政权，而且是在一个16岁少年的统帅下，这可谓农民起义史上的奇迹。
新教国家英、荷与先期航来的旧天主教国家西、葡之间矛盾重重，前者因此在家康面前大