，邹、冯二公便在书院开讲，内容多是孔孟语录及伦理道德，并联系历朝历代的忠臣贤人，如韩世忠文天祥于谦等。因授课内容切中时弊，又能鼓舞人心，前来听课者络绎不绝，首善书院也就成了继东林、关中、江右、徽州诸学院之后，又一著名学府。
首善书院闻名遐迩，却遭到了言官朱童蒙的激烈反对。朱上疏皇帝，说邹元标等利用讲学培植门户，“讲学是为了结党” ，并用教训的口气要邹冯二人安心本分，以东林为戒。
实际上邹元标是最反对门户之见的。他在蒙冤三十载重返政坛的第一天，就提出了“和衷共济”的主张。他指出敌在门庭，只有同心共济，倘若党同伐异，在国则不忠，在家则不孝。此外他不记私怨，第一个提出给张居正###，恢复张居正的官位，此时距张被削官抄家已三十八年矣！万历初年，张以铁腕手段推行改革，钳制言官，再加上威权震主，死后即遭抄家。邹向天启皇上称赞了张的政绩，指出张功在天下过在身家，请求为张厚葬，恢复张的谥号。……总体说来邹前半生峭直，后半生宽容，他复官不久，就上疏指出万历四十五年“丁巳”京察“不公正” ；当他在重返京城路上，看到京畿一带处处种上水稻，当得知是御史左光斗的功劳时，尽管他不曾与左谋面，此时竟情不自禁地称赞说“治理天下难道不是靠人才吗？人若有才，天气地力都可被利用。”眼下，邹元标读了朱童蒙的劾疏后，立即上疏驳斥，他的话说得极有分寸：“天下治乱系于人心，人心邪正系于学术（思想），我等讲学讨论的内容，仅仅是承继孔孟的衣钵，至于分门别户，圣人之书不载也，君子也不为也！”
朱童蒙这样一个小小的兵科给事中，竟敢冒天下之大不韪，向负责考察官吏的最高部门的正副长官宣战，自有他的一番打算。近年他通过给事中孙杰，与炙手可热的魏进忠拉上了关系，再过几个月新的一轮“京察”即将开始，朱清楚东林党人最恨言官与内阉结交，自己很可能成为“京察”的对象，弄不好还会落个降职或外调的下场，朱童蒙忖度再三，决定来个先发制人，以“讲学结党”的罪名，弹劾都察院的正副都御史邹、冯二人。然而他没料到，此举竟遭到邹、冯及一大批东林官员的反击。于是他只好找魏进忠去求救兵。朱童蒙知道魏最恨御史周宗建，周曾参劾魏“目不识一丁” ，“千人所指”，“不懂得忠义道德” ，为此魏恨得咬牙切齿。于是朱便拿周宗建是首善书院创办人说事，极尽诬蔑之能事，并煽惑魏进忠说：“宋朝的灭亡，便缘与讲学。”魏进忠听了，第二天便去皇上那里告状，他鹦鹉学舌般讲了一通宋朝灭亡的教训，朱由校信以为真，当天就降旨申斥周宗建及邹、冯两位大人。
副都御史冯从吾上疏申辩说：“宋朝不能振作，就是因为禁止讲学！”首辅叶向高也上疏鸣不平说：“诋毁讲学是结党，荒谬！如打算结党，何必靠讲学 ？”他一针见血指出，“依本官看，朱童蒙之意不在讲学，而在明年的京察。”叶向高力保邹元标冯从吾，气愤地说：“皇上如果要罢免邹、冯，臣愿意和他们同罢！”而首善书院的创办人周宗建也写了“请与邹冯二总宪同去疏” ，详细介绍了书院创办的背景和经过，及自己捍卫书院的决心。
邹元标看到许多在朝官员都卷入这场辩论中，深感担忧，他认为这有违自己一贯的“和衷共济”的主张，为使事态不再扩大，他上疏提出辞官，题为《老臣去国情深疏》，历陈军国大计，诚垦希望皇上“寡欲进规” ，邹的辞疏写得情真意切，一时为朝臣传诵。朱由校读了邹的辞疏后，下旨挽留……
十月，乡居三十年的赵南星奉旨来到京城。
早在去年三月，赵就被起升为太常寺添注少卿，但他并没有立即上任，而是上疏决辞，他曾作诗说：穷栖三十载，尘世隔烟萝。亦有忧天意，其如落日