瞬间移动，把小智也不知道带到什么地方去。
小智睁眼一看，已经不在万米高空，而是在一个实验室里面，一旁的梦幻则是开始到处玩耍。
小智开始四处观望，忽然，他看到了墙上有一些实验报告，拿起来一看，全是关于超梦的实验以及梦幻精英以及化石睫毛，还有如何克隆。
小智只仔细看着这些报告说道：“看来有人在这里进行过非法克隆实验，那超梦应该就是在这里诞生的。”
不然机器开始发动了响声，小智扭头一看，只见每一个机器上面都插着一根巨大的绿色管子。
里面满也不知道有什么液体，机器中一个个宝可梦和当初超梦使用的那些克隆神奇宝贝身上的条纹一模一样。
小智忽然脑海一疼，“我想起来了，我全部都想起来。小智全记忆，此时此刻开始复苏。
他明白了，超梦痛苦的根源到底是什么了？这里就是超梦诞生的地方，而这些实验机器就是当初把超梦克隆出来的，以及为什么超梦要在痛苦之地上在这里居住了。
当初板木把它制造出来，进行了哄骗，让它为自己而战，根本就不明白什么是自由，只能无尽的被关在冰冷的机器液体之中。
这就是导致它逐渐黑化，开始踏上要利用神奇宝贝来报复人类的道路。
此时，在上空中玩耍的梦幻也回来了，冲着小智点了点头，这就是它为什么要一直跟着小智，以及把他带到这里的原因。
此时，梦幻开始使用了精神强念，将这一台台机器都开始破坏，将里面的黑暗球扔了出来，此时，小智来到机器的按钮面前，点开了自爆模式。
小智瞬间跑远了一点，只听到一声“砰”的声音，所有机器都开始四分五裂的炸开，没有一台完整的，而梦幻使用了守住，挡下了这波冲击。
一地的黑暗球开始释放出来，小智他们的宝可梦以及他们认识众人的同伴宝可梦。
小智上前帮助他们一个个的放了出来，再一个个的砸坏这些黑暗球。
“皮卡皮”从黑暗球里放出来的皮卡丘飞奔向小智扑到了他的怀里。
小智紧紧抱着皮卡丘说道：“皮卡丘，还能看到你，实在是太好了，让我们去阻止它们吧。”
此时，小智站了起来，看到后面那些宝可梦全部都恢复了意识，然后径直的向大门侧壁走去。
“喷火龙使用百万吨拳击，把这扇墙壁给打开。”
而在大厅里的超梦对着众人说：“人类，我对你们的性命没什么兴趣，现在就离开吧，当然，你们要有本事穿越风暴。”话音刚落，超梦就把大门打开了。
而在大门另一边的墙壁开始炸裂开来，走出了无数只神奇宝贝。
小霞，看到小智没事化悲伤为惊喜的扑了到小智怀，“小智，你没事实在是太好了，让我们担心死。”
众人看到这一幕，都感觉到威风凛凛，喷火龙更是仰天大吼，宣誓着自己的归来，而可达鸭却直接绊倒了。
小霞顿时感觉十分丢脸，在这么重要的名场面，你却直接绊倒丢脸。
但众人也来不及看可达鸭的丑相，训练家们跑去和自己的神奇宝贝相认，小霞则是看着小智发现，小智根本就没有受到伤害后，也就松了口气。
小智则给了小霞和小刚一个眼神，然后径直的朝着超梦走去，而一旁的梦幻也已经跟了过来。
“超梦，你痛苦的根源已经被我毁掉了，你现在已经彻底的自由。”
超梦疑惑的问道：“你都做了些什么？“
小智指指了指地下说道：“那些将你克隆出来的机器，我已经帮你全部毁灭了。”
“什么？”超梦一脸不可置信的看着。
小智则语