综合潘基文周围人们的话，即使不是他的失误，这次波折也会成为外交部生活当中绝难忘记的事件。
外交部次官时期经历最大考验（4）
2001年3月7日，潘基文召集全体外交部职员举行了非公开照会，提出了“外交部自省论”。
“韩俄共同声明中涉及的有关ABM条约的语句虽然通用于国际社会，但是，外交部没能事先觉察到国际社会的情况变化。这次造成了不好的结果，让国民蒙受羞辱，我们必须反省。”
潘基文还要求说：“外交部的上下级意见和命令虽然贯彻良好，但是横向的讨论和信息共享还不够好。将来，各部门之间必须紧密协调，努力加强与其他部门之间的关系。”
参加当天职员照会的外交部相关人士说：“韩美首脑会谈前夕，发生了足以刺激美国的事情，美国通潘基文次官好像感觉到了道义上的责任。”
结果，NMD体系之争引起的外交部危机仍在继续。2001年4月，潘基文和李廷彬长官同时被解职，沦为了失业者。外交部历史上还从来没有跌落于次官职位的外交官。这就是人事问责制度。
从事了三十一年的外交工作，除此之外一无所知，潘基文实在难以接受成为失业者的事实。曾被誉为模范外交官的潘基文，每天都找朋友们喝酒，夜里难以入眠。短短两三个月，他的体重就减轻了十公斤。他非常绝望，甚至说过：“我真想死。我从来没有为自己活过一个小时啊……”他的朋友安英秀教授给他买了地铁月票，告诉他说：“现在没有人给你开车了，你乘地铁吧。”
当时，外交部很多人议论纷纷，传说潘基文从次官位置落马的过程与前外交通商部长官洪淳瑛的情况非常相似，而洪淳瑛是潘基文在忠州初中和忠州高中的前辈。金泳三政府时期，洪大使也曾经遭到过解职。
《月刊朝鲜》2001年5月号曾经发表了记者撰写的报道，长达五十页稿纸，引用了很多后辈外交官感叹潘基文落马的声音。
当这篇报道在外交部周围传开的时候，外交部长官李廷彬的继任者韩升洙长官开始寻找救助潘基文的途径。90年代，韩长官担任驻美大使，曾经留意到身为驻美公使的潘基文，并对他的优秀和诚实表示了赞赏。
韩升洙长官以这篇报道和外交部的评判为根据，促使青瓦台认识到潘基文是个深孚众望的外交官。当时，前总统金大中的某个亲信直接向金总统报告了刊登于《月刊朝鲜》的这篇报道，希望能够再给他工作的机会。
2001年9月，韩长官担任联合国大会主席，立刻恢复了潘基文的外交官身份。于是，潘基文奔赴纽约，担任联合国大会主席秘书室长，兼任驻联合国总部大使。当时也有人冷嘲热讽：“曾经当过外交部次官的人，现在去做外交部局长级的工作，这像什么话啊？”但是，潘基文对此表示感谢，因为重新恢复了外交官的身份，又可以去做自己喜欢的外交工作了。
作为联合国大会主席秘书室长，他发挥了百分之百的作用。因为常驻联合国，潘基文得以拓宽了自己的人脉。他的外交生涯中多了联合国大会主席秘书室长的经历，这对于将来成功当选为联合国秘书长起到了重要作用。经过在金大中政府时期的迂回曲折，潘基文保住了自己的外交官身份，最后迎来了卢武铉政府。
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总统卢武铉和外交部长官潘基文（1）
重任次官，而不是期待中的长官
2002年12月，卢武铉在大选中获得胜利，于是有人传说潘基文将升任外交部长官。他曾经担任过将近十年的次官，又非常熟悉美国，应该是最为合适的长官人选。这样的评论不绝于耳。
但是，总统秘书室长文喜相却只是邀请潘