一军团7万余人，左路是霍恩洛厄指挥的第二军团5。5万人，包括萨克森士兵在内。右路是吕歇尔将军指挥的独立军5万人，其中包括两个萨克森师。
普鲁士军队曾在菲特烈大帝时威震一时，一些宫廷长官、军事将领以及路易莎王后至今仍对其军队的威力深信不疑。他们认为，只要普鲁士军队给拿破仑以勇敢的一击，拿破仑的大军就会一败涂地，保王党就可以在后方举行暴动，拿破仑的政权会因此被推翻，波旁王朝可以轻而易举地复辟。然而，这些自信的人却忽略了一个事实，那就是如今不是菲特烈大帝时代，普军的后勤、武器装备大多停留在50年前菲特烈大帝时代的水平，其战术思想仍固守传统的〃线式战术〃那一套，僵硬的队形、迟缓的动作和有顺序的排枪仍被认为是战无不胜的，而对法军宽松的队形和比较放任的射击纪律不屑一顾。普军对于法国革命后法军所发展的机动性和战术弹性简直毫无所知。普军的将军亦多年老保守者，年轻有才干的人很难有机会破格提升。这些年老保守者一味以菲特烈时的老将自居，妄自骄矜，对新情况，新战术漠不关心，且又重视排场、形式而不重实效。更为严重的是普将之间互不服气，指挥难以统一，这必将导致行动迟缓，各行其事。所有这些，已预先决定了这场大战的胜负。
9月25日，拿破仑离开巴黎。3天后，抵达梅因兹。至此，他对敌人的行动、实力及作战计划不甚了解，他所知道的仅为萨克森和普鲁士缔结了同盟，他必须对付他们的联合兵力。法国陆军对这个新战场很不熟悉，因此，拿破仑坚持在尚未发动作战之前应尽量搜集一切有关地形的情报，他派工兵军官前去侦察从图林根森林通往普鲁士和萨克森的道路。10月1日，拿破仑写信给贝尔蒂埃说：“我希望你把曾作道路侦察的工兵军官留在符兹堡，因为我要亲自询问他们有关地形性质的问题。……在班堡要建立一个面包制造厂，能供给8万人4天的口粮。班堡为一切军事行动的中心。假使我们被岂不得不如此，则我想能在10日前发动进攻。”
实际上，此时的普军仍未有明确的作战计划。9月24日和25日，普军诸将会于瑙姆堡，商议作战计划。霍恩洛厄的意见是：布伦瑞克主力军团迂回图林根山，由法兰克福方向前进，以一部守备该山；自己率军越过法兰肯森林，经拜律寺、班堡前进；吕歇尔军在右翼游动，取守势。总司令布伦瑞克则认为：以霍恩洛厄军的一个师对付、牵制拜律寺方向的法军；其余的师均与主力会合，越过图林根山，经爱尔富特至维尔茨堡取攻势，切断法军交通线，奇袭其营地；吕歇尔军则向法兰克福大道前进，牵制东进的法军。两种方案引起了激烈争论，两位将军各执己见，互不相让。普王见此情景，只好将两种方案来个折衷，以主力越图林根山，霍恩洛尼越法兰肯山，同时进入南德。然而，双方仍不满意。这时，又有人提出了第四种方案、第五种方案。命议连续开了10天，仍然没有得出结果，只好暂时休会。
10月3日，拿破仑来到符兹堡，会见了侦察地形的工兵军官，布莱门上校就是其中之一。布莱门上校曾冒充萨克森军官，大摇大摆地通过普鲁士防线，他经过柯堡、耶拿、萨尔费德，最后抵达瑙姆堡，为拿破仑带回了大量重要情报和资料。拿破仑听取汇报以后，估计敌军主要展开在耶拿——埃森纳赫一线，而且左翼是暴露的，只有一支2000人的小部队进行掩护。根据这个判断，拿破仑决定：集中法军主力于右翼，以缪拉指挥的6个骑兵师为前卫，向拜律寺和霍夫方向实施主要进攻，大胆迂回普军左翼；同时，以路易。波拿巴指挥的兵力在法兰克福方向牵制普军的行动，并充当法军的总预备队。为了实施上述计划，拿破仑将法军划分为左、中、右三路纵队，分别向前开进。左路为拉纳的第五军、奥热罗的第普军，沿科堡、鲁