。由万历帝的生母李太后，内阁首辅张居正以及司礼太监冯保三人共同主持朝政。万历是明朝时间最长的一个年号，长达48年。
张居正是卓越的政治家和改革家，明朝最著名的首辅，也是万历帝的帝师。张居正做事不计毁誉，勇于献身，裁汰贪官污吏，重用戚继光等名将，使多年扰攘不宁的北部边境和南方海域得以安定。任用抗倭名将戚继光守御北方边疆，戚继光到任后的某一天，举行阅兵，忽然大雨倾盆，边防军竟一哄而散，只有戚继光一手训练的击败倭寇的浙江部队因没有得到解散命令，仍在大雨中屹立不动，边防军大吃一惊，从此他们才知道什么是军纪军令，这件事说明边防军的*。锐意改革，清除宿弊，使危机四伏的大明帝国，在万历初年，又焕发了生机，取得了辉煌的业绩。但张居正对万历帝十分严厉和苛刻，作为皇家教师，往往在朱翊钧睡眠正甜的时候，强迫他起床读书。在他读错字时，又声色俱厉地纠正他，使得小皇帝难以忍受，因此小皇帝对张居正十分憎恨。万历帝十岁时，经常拷打身边的宦官和宫女，把这些可怜无助的人拷打到死。太监冯保向李太后报告，李太后就责骂朱翊钧，有时候还揍他。有一次李太后暗示他如果不停止凶暴，可能有被罢黜的后果。因此在张居正病故之后万历帝亲政，立即向他们采取报复行动，任命冯保的死敌张缄当司礼太监，把冯保放逐到故都南京。接着宣布张居正的罪状，下令抄没他的家产，派兵把张居正家团团围住，门户加锁，禁止出入，等查抄官员张诚到达时，已有十余人活活饿死。 张居正的三子经不起拷打，屈打成招，枉供曾向各家转移藏匿财产，其实是子虚乌有之事，长子受不了折磨自缢身亡。凡被认为与张居正结党的官员，统统被撤职。所推行的改革新政全部被万历帝推翻废除，改革前功尽弃，十年的改革成果，逐渐化为乌有。
张居正死后不久，日本大举侵略朝鲜王国，中国第一次武力援助朝鲜。中国是朝鲜的保护国和宗主国，但从不过问朝鲜的内政。日本在十六世纪有一位巨人崛起，他就是平民出身的大将丰臣秀吉。他统一了全国，担任关白，即全国最高执政官，天皇便成为一个虚名，没有实权。丰臣秀吉在国内建立了不朽的功业后，决定征服朝鲜。一五九二年，丰臣秀吉统率海陆军十五万人，在朝鲜半岛登陆。朝鲜不堪一击，日军长驱直入，抵达首都王京，即现在的首尔。王京陷落，国王李昖逃到跟中国一水之隔的鸭绿江畔的义州。只不过三个月时间，朝鲜全国全部被日本占领，只剩下义州一个孤城。李昖向明朝告急，明朝派遣军队援助朝鲜，日军大败，车臣秀吉逃回日本，不久病逝。这是日本第一次侵略朝鲜，也是中国第一次保卫朝鲜，自一五九二年到一五九八年，历时七年。日军撤退后，明朝军队也跟着撤退。
在抄没了张居正的家产之后，万历帝染上了从海外最初传入中国的鸦片烟瘾，从而开始不跟大臣见面，不上朝竟然长达22年，是明朝皇帝中不上朝时间最长的一位，很多大臣自始至终也没有见过皇帝长什么样。英宗、武宗把皇宫当作不快乐的地方，总是到外面游荡，而世宗、万历帝又把皇宫当作最快乐的地方，片刻也不想离开。大臣有重大的事情陈奏，想见皇帝一面也很难。不但请求任用官员的奏章，万历帝熟视无睹，对官员们辞职的辞呈，也熟视无睹。宰相李廷机有病，连续上了一百二十次辞呈，都得不到消息， 最后他不辞而去，朱诩钧也不追问。锦衣卫没有一个法官，囚犯们关在监狱里，有长达二十年之久还没有问过一句话的，他们在狱中用砖头砸自己，辗转呼冤，也没有任何人加以理睬。一六一九年，辽东经略杨镐，四路进攻新兴起的劲敌大金汗国，在萨尔浒大败，死四万五千余人，开原、铁岭相继陷落，北京震动。全体大臣跪在文华门外，苦苦哀求万历帝批奏章，增派援军，急发军饷，前线战士正