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经过四年战争，燕王朱棣在建文四年攻入南京，宫中起火，建文帝却不知下落。有三种关于建文帝下落的说法，一种是*说，即建文帝和后妃在宫中*而死，一种是出家为僧说，一种是建文帝驾着小舟逃亡海外说。当时居然有一个建文帝的假冒者，那是在明英宗正统年间，一个九十多岁的老僧自称是建文帝，来到皇宫，英宗派大臣审理此案，审案的一位御史发现了破绽，说建文帝如果活到现在，应为六十四岁，而这个老僧已有九十多岁，老僧无言以对，只好说了实话：原来老僧年轻时游历过很多地方，听说过关于建文帝出家为僧、逃亡出走的一些故事，他此次冒充建文帝是他的同伴僧人的主意。真相大白之后，英宗下令将老僧关在狱中，不久死在狱中，其他的同谋僧人被发配边疆。
建文帝的长子朱文圭被大火烧死，次子朱文奎当时只有两岁，被朱棣囚禁在广安宫，一囚就是五十五年，在明英宗的时候重获自由，被释放的时候已经是五十七岁了，已经成为白痴，竟然连牛马也分不清了，不久就死去。历史总是很相似，当初王莽推翻汉朝的皇帝，也是同样把那个小皇帝关了很长时间，出来以后也是一样分不清牛马，成了白痴。
“靖难之役”结束之后第二年，公元一四零四年，在中亚兴起的成吉思汗的后裔帖木儿帝国，正决心恢复蒙古帝国东方的故有版图。帖木儿大汗从他的首都撒马尔罕出发东征，准备进攻中国，不料在中途逝世，军事行动中止。如果帖木儿不死的话，根据已知的资料推断，明王朝以当时残破的力量，势必将无力抵抗，一个新的异族统治，可能再次出现。
第三章 明成祖朱棣
朱棣攻入南京，自称皇帝，改年号为永乐，对建文帝的大臣大加杀戮，有许多人惨烈死去，其中有建文帝的心腹齐泰、黄子澄、方孝孺等八十余人，他们被施以割鼻、寸磔、下油锅的酷刑，并祸连宗族、亲友、门生，他们的妻女被卖给妓院，受到百般凌辱。其中最惨烈的，被明成祖“诛十族”的，就是方孝孺。方孝孺是建文帝最忠心的大臣，明成祖召用他，他不肯屈从，明成祖要灭他九族，方孝孺说，“十族奈我何”，明成祖大怒，命左右将方孝孺的嘴割破，直割到两耳，然后杀头，之后又灭他的九族，接着又把他的老师朋友门生列为一族，称做“十族”，共死八百七十余人。在方孝孺之前，最重的刑罚也只是“诛九族”，明成祖竟然灭了方孝孺的十族，可谓是空前绝后的残暴。这次清洗，前后杀死数万人。当时有两个忠于建文帝的大臣准备刺杀明成祖，为建文帝报仇，但都没有成功。一个是御史大夫景清，怀藏利刃，被明成祖发现，明成祖命人将景清身上的肉用铁刷子一块一块地刷掉，骨头一块一块地打断，在灭了景清的九族以后，景清的街坊邻居都受到了株连，整个村子都成了一片废墟，这是比族诛还要严重的连坐之刑。另一个是御史高翔，在朝见明成祖的时候，穿着丧服入见，语多不逊，明成祖将高翔“族诛”之后，又刨了他的祖坟，就是连种其田地的普通百姓也受到了株连。这种做法被称为“瓜蔓抄”，就是顺藤摸瓜之意，转相攀连，广加诛杀，只要是和犯罪的人稍微有一点点联系，也会受到牵连而被诛杀。“瓜蔓抄”之风一直延续多年，许多人无辜受到株连。尤其在明成祖晚年，脾气性格变得异常残暴和怪异，动辄对宫女大加杀戮，被杀的宫女将近有三千人，成为明代后宫最大的惨案。