瞬间移动，把小智也不知道带到什么地方去。
小智睁眼一看，已经不在万米高空，而是在一个实验室里面，一旁的梦幻则是开始到处玩耍。
小智开始四处观望，忽然，他看到了墙上有一些实验报告，拿起来一看，全是关于超梦的实验以及梦幻精英以及化石睫毛，还有如何克隆。
小智只仔细看着这些报告说道：“看来有人在这里进行过非法克隆实验，那超梦应该就是在这里诞生的。”
不然机器开始发动了响声，小智扭头一看，只见每一个机器上面都插着一根巨大的绿色管子。
里面满也不知道有什么液体，机器中一个个宝可梦，和当初超梦使用的那些克隆神奇宝贝身上的条纹一模一样。
小智忽然脑海一疼，“我想起来了，我全部都想起来。小智全记忆，此时此刻开始复苏。
他明白了，超梦痛苦的根源到底是什么了？这里就是超梦诞生的地方，而这些实验机器就是当初把超梦克隆出来的，以及为什么超梦要在痛苦之地上在这里居住了。
当初板木把它制造出来，进行了哄骗，让它为自己而战，根本就不明白什么是自由，只能无尽的被关在冰冷的机器液体之中。
这就是导致它逐渐黑化，开始踏上要利用神奇宝贝来报复人类的道路。
此时，在上空中玩耍的梦幻也回来了，冲着小智点了点头，这就是它为什么要一直跟着小智，以及把他带到这里的原因。
此时，梦幻开始使用了精神强念，将这一台台机器都开始破坏，将里面的黑暗球扔了出来，此时，小智来到机器的按钮面前，点开了自爆模式。
小智瞬间跑远了一点，只听到一声“砰”的声音，所有机器都开始四分五裂的炸开，没有一台完整的，而梦幻使用了守住，挡下了这波冲击。
一地的黑暗球开始释放出来，小智他们的宝可梦以及他们认识众人的同伴宝可梦。
小智上前帮助他们一个个的放了出来，再一个个的砸坏这些黑暗球。
“皮卡皮”从黑暗球里放出来的皮卡丘飞奔向小智扑到了他的怀里。
小智紧紧抱着皮卡丘说道：“皮卡丘，还能看到你，实在是太好了，让我们去阻止它们吧。”
此时，小智站了起来，看到后面那些宝可梦全部都恢复了意识，然后径直的向大门侧壁走去。
“喷火龙使用百万吨拳击，把这扇墙壁给打开。”
而在大厅里的超梦对着众人说：“人类，我对你们的性命没什么兴趣，现在就离开吧，当然，你们要有本事穿越风暴。”话音刚落，超梦就把大门打开了。
而在大门另一边的墙壁开始炸裂开来，走出了无数只神奇宝贝。
小霞，看到小智没事化悲伤为惊喜的扑了到小智怀，“小智，你没事实在是太好了，让我们担心死。”
众人看到这一幕，都感觉到威风凛凛，喷火龙更是仰天大吼，宣誓着自己的归来，而可达鸭却直接绊倒了。
小霞顿时感觉十分丢脸，在这么重要的名场面，你却直接绊倒丢脸。
但众人也来不及看可达鸭的丑相，训练家们跑去和自己的神奇宝贝相认，小霞则是看着小智发现，小智根本就没有受到伤害后，也就松了口气。
小智则给了小霞和小刚一个眼神，然后径直的朝着超梦走去，而一旁的梦幻也已经跟了过来。
“超梦，你痛苦的根源已经被我毁掉了，你现在已经彻底的自由。”
超梦疑惑的问道：“你都做了些什么？“
小智指指了指地下说道：“那些将你克隆出来的机器，我已经帮你全部毁灭了。”
“什么？”超梦一脸不可置信的看着。
小智则