亚历山大进发。他命令迪盖将军将关押在开罗的数千战俘秘密处决，尽量不要引起公众的注意。同时，拿破仑命令马尔蒙将军在阿布基尔和罗塞塔一线构筑防线，在比凯特集结，以威逼敌军两翼。
7月16日凌晨4点，拿破仑率部出发，连对他高度不满的布列纳也不得不佩服他的临危不惧、刚毅果敢和快速反应。3天后，他赶到阿拉马尼亚。他命令马尔蒙据守亚历山大，克莱贝尔保卫罗塞塔，拿破仑自己则在中路据守比凯特，缪拉的骑兵则在阿布基尔和防线之间做后援。拿破仑告诉克莱贝尔，他并不认为敌人的兵力会比自己强多少。
第十一章 通往大马士革之路（4）
7月20日和22日，消息传来，第二批敌军登陆。敌人来势凶猛。法军方面，拉纳的师团已经靠近阿拉马尼亚，迪盖抽调了大量的开罗守军，约12；000人已经上路。开罗医院里只要能够站起来的人都重新拿起了武器。贝尔蒂埃要“给土耳其人一个教训，最后确保法国在埃及的地位”。
“要保持高度的警惕，”拿破仑提醒马尔蒙，“军官，特别是高级军官，晚上睡觉不能脱下军装。夜间加强巡查，务必确保人人知道自己的岗位所在。”他命令带狗守夜以防偷袭。只有到了生死存亡的关头，拿破仑才会调集全埃及的兵力来对付土耳其的登陆。拿破仑令德塞进一步调集兵力对付易卜拉欣贝伊军，他告诉德塞，他将在阿布基尔“攻击敌人并将他们全部赶进大海”。拿破仑是在只有很少的炮兵以及他将面对的敌人的总兵力究竟有多少尚不清楚的情况下制订出这些军事计划的。
7月22日，拿破仑命令拉纳将军的师团和拉尼斯的师团在比凯特做好迎敌的准备，梅努将军和克莱贝尔将军攻占马地亚湖地区。7月24日晚上9点，拿破仑抵达比凯特附近的战地指挥部时，命令缪拉由4个步兵营配合作战的骑兵在4小时内进攻土耳其登陆部队，拉纳和拉尼斯从左右两翼策应，命令马尔蒙进攻西面阿布基尔和亚历山大之间的地区，命令克莱贝尔从罗塞塔向阿布基尔推进。
7月25日凌晨2点，法军仅有的几门大炮突然发起了猛烈的轰击，向势均力敌的穆斯塔法·帕撒军发起了全线进攻。缪拉首先冲破了敌人的由壕沟筑成的第一道防线，随即又向敌人的第二道防线攻击，该防线有30多艘炮舰做后盾。
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“骑兵是我们决胜的因素，”事后拿破仑向督政府报告道，“骑兵突破了土耳其人的右翼，展开了一场可怕的屠杀……敌人纷纷跳海，向一英里开外的英国炮舰游去，但几乎全部溺水而死。这是我平生所见的最恐怖的一幕。”
拿破仑只花了11个小时就打败了土耳其军，取得了决定性的胜利。 在该战役中2；000土耳其人被杀死，4；000多人溺水死亡或被俘。侥幸逃脱的土耳其军队躲在半岛顶上的阿布基尔要塞顽抗，一周后向梅努的军队投降。土耳其军队在转瞬之间几乎全军覆没。而法军牺牲了仅不到1；000人。这是拿破仑自到达埃及后的第一场真正的胜仗。
两天后，拿破仑将他的主要指挥官派回原来的位置，将德塞派回驻守上埃及，拉尼斯回到梅努夫，克莱贝尔回到达米亚塔。通过对土耳其战俘的审讯，拿破仑得知土耳其的一支生力军正在从大马士革赶往开罗途中。因此，拿破仑将雷尼尔派回到萨尔黑亚加强防御。1799年7月27日，拿破仑高度赞扬缪拉将军“在阿布基尔战役中取得的辉煌胜利”，这是拿破仑少有的一次对下属的高度赞扬。由于土耳其军队的不堪一击，英国和俄国海军支持下的土耳其军联合作战宣告失败。在这次战役中拿破仑失去了第四名高级副官吉博特，缪拉等将军受伤。拿破仑将亚历山大要塞以他牺牲的科西嘉朋友卡弗雷里的名字命名。