“反恐”
除了海盗所造成的经济和治安危害外，国际海事局警告说，一些海盗袭击事件背后还可能隐藏着政治动机。西方情报机构和海事安全部门也认为，印尼海域发生的某些袭击事件与“基地”组织或其他恐怖组织有关联。人们一直在担心，恐怖分子会把这样的船只变成巨型浮动炸弹，驶入大型港口后引爆，由此严重扰乱世界贸易。
一、反海盗还包括“反恐”，“反恐”也包括反海盗
国际海事局专家表示，鉴于世界安全形势所受到的恐怖主义挑战，目前的海事安全已远不止是海盗与反海盗的范畴，有组织、有预谋、规模庞大、手段先进的恐怖主义袭击，正在成为更严重的海事威胁。传统海盗的目的只是为了抢劫财物，而恐怖分子的目的在于对抗政府、制造混乱。恐怖分子的目标也不再仅限于油轮和商船，军舰、码头、港口、旅游胜地乃至居民聚集区都成了他们的袭击对象。特别是随着各国反恐力度的加大，恐怖分子在陆上的“地盘”已日益缩小，不得不将其部分“阵地”转向海上。这种专门在广袤的海域上制造恐怖活动的恐怖分子，被专家称为“现代海盗”。
二、海上恐怖袭击最难对付
据《兰德公司国际恐怖活动大事记》记载，在过去30年中，只有2％的恐怖事件是在沿海或海上发动袭击。海上袭击的形式也很简单，不过是向舰船投掷小型炸弹，或以水雷攻击。但是，反恐专家认为：“在所有主要的恐怖战术中，海上恐怖袭击是最难对付的。”
尽管海洋不是恐怖活动最初的发源地，但随着现代科技的发展，海上恐怖威胁已越来越不容忽视。随着现代科技的发展，海上恐怖分子的装备更为先进，作案手法也更加“高明”，有的甚至走上了集团化、组织化、国际化的道路。
而美国方面最担心的是，恐怖分子可能利用集装箱货船从事恐怖活动。因为集装箱数量太多，海关人员根本检查不过来。一旦恐怖分子将化学、生物甚至放射性武器藏在某个集装箱里，在洛杉矶这样的大港口引爆，其后果不堪设想。除集装箱货船外，西方对恐怖分子可能从水下发起的袭击也颇为担心。
三、“基地”已有“恐怖舰队”？
还有一些安全专家认为，“9·11”事件后，本·拉登“基地”组织已组成一支拥有大约20艘船只的“恐怖舰队”，分布在*海和印度洋等海域，随时可能发动恐怖袭击。据美国官员透露，这些船上很可能装载了大量炸药、枪支弹药、化学武器、炭疽菌和毒药，每一艘船都相当于一个漂浮在海上的“火药桶”。
西方媒体对恐怖分子可能从水下发动的袭击也颇为担心。美国联邦调查局曾向加州潜水协会收集其过去数年内培训的200万名潜水学员的资料，以防恐怖分子混入其中学习潜水技术，在海底向美国舰船或桥梁发动袭击。
海上恐怖事件的频频发生，引起国际社会的高度关注，各国联手海上反恐成为大势所趋。海事专家呼吁，各国政府应通力合作，增加警力，加强海岸巡逻，全力打击来自海上的恐怖威胁。
国际海事组织呼吁会员国检查现有的保安措施和程序，以免恐怖分子向船只下手，或将船只、货物作为进行袭击的武器。国际海事组织还发起环球培训计划，以提高海事和码头员工鉴定船只与码头安全的水平。官方则需严格鉴定码头和船只工作人员的身份，确保他们不会利用这些设施进行恐怖活动。
2001年，联合国远洋及海商法非正式咨询程序会议在美国纽约市举行。会议通过了三项打击海盗、维护海上运输安全的建议。此外，把反恐视为要务的美国，还与法国、德国、加拿大、马来西亚、新加坡等国达成协议，一致同意美国海关总署在这些国家的港口派驻安全监察人员，以防止恐怖分子通过集装箱货