岛有着持久不断的通讯联系——是一个远比弗吉尼亚适于作为邮政总代理所在地的处所，而且我们这一州也具有在此设置该职的声誉。”那久已形成的计划就是10年前富兰克林倡办过的美洲哲学学会。尽管这个学会不如他所期望的那么活跃，而他的电学和政治上的兴趣也使他偏离了一般哲学，但他心里始终牵挂着他的美洲哲学学会。他希望使越来越多的有才智的人彼此间保持通信联系，不仅在费城，也不仅在宾夕法尼亚，而是在整个北美殖民地。但要实现这一宿愿的障碍之一是缓慢、昂贵且不安全的邮政系统。这一系统必须加以改造，而他，美洲哲学学会的秘书能做到这一点。同时，费城是学会的中心，富兰克林又是费城的市民，他希望费城在各方面都拥有重要地位。对他个人来说，他看重的不是拥有这一职位所能直接、间接得到的经济收益，而是作皇家邮政官员的荣耀和扩大对整个美洲了解的机会。
就在给柯林森写信的5月，富兰克林买下了里德家在市场街的一幢房子，把邮政局从印刷所迁到那里，并在本杰尔手下任主计官，管理各地邮局的帐目。本杰尔亡故后，身为主计官的富兰克林于1753年夏季花了10个星期时间巡视新英格兰的邮政事务。8月10日，英国邮政大臣任命富兰克林和威廉堡的邮政局长、《弗吉尼亚报》的出版者威廉·享特同为“英王陛下在北美大陆的各省及领地的邮政总代理”，年薪共为600镑，“从邮资所得中支付”。1730年，邮政总署设在弗吉尼亚，而从这时起，威廉堡和费城一南一北分管整个北美殖民地的邮政。富兰克林对威廉·亨特印象不错，两人在公务上配合默契，但享特健康状况不佳，主要邮政事务往往落在富兰克林肩上。
富兰克林任命儿子威廉·富兰克林为费城邮政局长，次年又擢升他为主计官。威廉·富兰克林遂将邮政局长之职交由黛博勒的亲戚约瑟夫·里德担任。约瑟夫后来又将此职交由波士顿来的彼得·富兰克林担任。留在波士顿的约翰·富兰克林——富兰克林之兄——则自1754年起任波士顿的邮政局长，他在1756年1月死去后，邮政局长之职由其妻继任，成为迄今所知北美妇女担任公职的第一人。
身任邮政总代理后，富兰克林便抓紧时间进行邮政改革。他建立起一套完整、清楚而简单的邮政系统，将表格和指示付印后发到各地邮局。1754年，他巡视了北部各殖民地的各地邮局，1755—56年又巡视了马里兰和弗吉尼亚的各地方邮政，从而认识了各地邮政局长，使其帐目制度化，研究他们的具体困难，考察了各地的道路、河流涉水处和渡口。到1757年携其子东渡英格兰时，他仍身任这职位，只是将主计官之职委与纽约的合伙人詹姆士·帕克尔。由于富兰克林全面整顿了殖民地的邮政，他任职后第4年的邮政收入超过了前三年的总和。1761年，在4年多以后，富兰克林和享特终于收回了自己预支的钱，并向伦敦汇出了美洲邮政部门第一笔盈余。
富兰克林对邮政进行的大多数变革都是以他在费城的邮政经验为依据的。长期以来，他把有信待领者的名字登在《宾夕法尼亚报》上。这时他将这一做法推广到有报纸发行之地的邮局。1753年，他在费城建立了收费邮递制度，凡在到达当天未被领取的邮件由费邮递员（只有一人）递送，收取额外邮递费。这一做法在其他大城市也被鼓励实行。富兰克林还规定，将收信人姓名登在报纸上后，凡三个月内无人领取的邮件须送交设在费城的邮政总局——这是美国“无法投递邮件的处理部门”的开始。他废除了他们邮政局长期间邮差免费投递报纸的垄断做法，规定所有的报纸均由邮差递送，但要支付邮资。他最有意义的改革是要求各地邮政局长注意邮递服务的统一性和持续性，并且由于他改进了邮政服务的速度和安全性，使邮政事业广泛得到利用而繁