多少年来，殖民地已习惯于自己的商业贸易由英国政府管理，为宗主国提供工业原料和制造业产品的市场，满足于节俭的生活。1764年以前，英国政府已向殖民地对非英国进口的商品征收新关税，禁止殖民地和其他国家甚至禁止殖民地之间的贸易往来。食糖条例的颁布断绝了西印度群岛和英属北美殖民地的贸易，使得殖民地人民没有足够的糖浆酿制糖酒，而糖酒是殖民地人民的主要饮料，是他们用以交换印第安人的皮货、非洲的奴隶和英国的制造业产品的主要货物。殖民地的整个经济生活因该项法案的实施而大遭阻挫。而这一切都是为了英国甘蔗种植园主的利益。而对殖民地人民来说，印花税的征收意味着更严重的伤害。它不仅是要从殖民地搜刮巨额钱财，更是侵犯了殖民地的权利，殖民地人民绝不能容忍。
弗吉尼亚率先抵制实施印花税法案。该州议会的决议在波士顿用更加激烈的措辞重印出来，散发到殖民地各处，像警钟一样传遍了从哈利法克斯到圣奥古斯丁的北美殖民地，惊醒了那些尚未奋起的人。各州议会的抗议或许还有所克制，普通民众则直言不讳。当麻萨诸塞的州议会于10月份在纽约召集州际代表大会时，各殖民地的成帮结伙的普通老百姓已在组织起来，自称“自由之子”——巴雷上校在英国国会对他们的称呼。
9个殖民地向代表大会派了代表，在这次会上，各殖民地达成一致的程度超过了11年前奥尔巴尼会议，殖民地已空前地团结起来。8月，印花税征税官的姓名在殖民地公布，从纽汉普什尔到南卡罗来纳的殖民地人民揭竿而起。波士顿的反抗运动最为猛烈，富兰克林的朋友宾夕法尼亚的休斯和康涅狄格的英格索尔都受到了起义者的威胁，被迫辞职。在法案行将实施之际，殖民地的大地上已没有一名执行它的官吏；印花运到了，却没有什么人使用它。商业在不贴印花的情况下继续着，或根本不再进行；殖民地人民还准备恢复被英国政府禁止的制造业；人们为了抗议这项法案，广泛抵制英货；商人停止进口英国货，已经订了货的也停止偿付货款。债主们坐立不安，不少人失去工作，社会动乱不安。
在费城，富兰克林的政敌对他大肆攻讦，四出散布流言，说是他促成了印花税法案的通过，并从中获利；是他给他的同胞设下了圈套。对富兰克林来说，这是比宾一伙更为危险的政敌。一些受到煽动的起义者扬言要烧掉富兰克林的新住宅。威廉·富兰克林闻讯后，匆匆忙忙地从伯林顿赶到费城，劝母亲和妹妹到他那里避避风头。黛博勒只让萨拉去了，自己不愿离去。她的一个弟弟和她丈夫的一个侄儿搬来陪她同住，她让他们带了枪来。她知道她没有伤害任何人，她丈夫也没有；她也相信万一有什么麻烦，她的朋友会比敌人多。
消息在1765年下半年传到英国，英国为之震动。由于这场广泛的反抗和抵制，英美之间的贸易急剧减少达半数。经济利益受到损失的英国制造商、大商人、船主、商贩开始加入到殖民地人民反对印花税法案的行列中去。
富兰克林也震惊了，但不是为了自己。他读了黛博勒的来信，信中写着：“我们把一间屋子变成了火药库，我吩咐在楼上筑了些工事。这么一来，我自己能对付。”对此，富兰克林苦涩地笑了。妻子的刚强使他感到欣慰，却仍不免担心。至于那些对他自己的中伤，他于7月8日在写给朋友的信中是这样说的：“他们所有的箭矢，正如拉伯雷①所说的，箭头是用阳光下的奶油做的。”他为之震惊的是构成英帝国整体的殖民地同宗主国的分裂。他发现自己力图将这两个部分拉到一起，而同时被这两个部分猜疑：英国政府视之为代表殖民地说话的使者；殖民地则认为他亲英。实际上，如果要他选择，他会毫不犹豫地站在殖民地人民一边，因为他本来就是他们中的一员。但同时他又不愿看到帝国的分裂