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北美殖民地的形势却是另一番景象。1768年，麻萨诸塞州议会联络弗吉尼亚议会，共同发出巡回信件，呼吁殖民地各州团结御侮。于是英国政府又颁布了一次唐森德条例：解散麻萨诸塞议会。1768—1769年冬，英国内阁还准备将殖民地领导反抗的强硬分子拘往英国，以亨利八世时的叛国罪判刑。殖民地人民愤怒了。波士顿的商人率先起来，领导了全国性的抵制英货运动。殖民地人民组织起来，用武力抵抗英国税吏的搜查和压迫。这次空前广泛的反英运动，不仅抵制英货，而且要求废止唐森德条例。在斗争中，华盛顿把1769年的弗吉尼亚决议引进下院，决议由乔治·梅森起草，华盛预和托马斯·杰斐逊都在决议上签了名。杰斐逊那年26岁。抵制英货的结果，是英国向殖民地输出的贸易总额剧减。英国政府被迫废除了唐森德条例。
但是双方的矛盾并未消除，也无法消除。这是一种利害冲突：英国统治者为了发展本国的资本主义工商业，不惜用各种手段打击、摧残北美殖民地的工商业。这一次，英国的商人、厂主甚至工匠都站在他们的政府一边。而殖民地人民尚未准备好迎接不可避免的越来越艰巨的斗争：他们还没有统一，他们中的大多数人还愿意效忠于英王。就在这时，英国当局对反抗的殖民地人民进行了一次血腥的镇压。这就是“波士顿惨案”（又称“波士顿屠杀”）——英国驻军屠杀波士顿人民群众的流血事件。
从1765年英国颁布了驻营条例以后，一直有两团正规军驻防波士顿。这些驻在北美殖民地的英国士兵，完全蔑视殖民地的法令，常常胡作非为，酗酒闹事，殖民地人民和英国驻军的冲突从未间断，尤其是1770年以来，2月，英国税吏开枪杀害一名儿童，引起3月2日波士顿工人和英国驻军第20团发生正面冲突。3月5日，波士顿又发生了英军凌辱学徒的事件，殖民地人民愤怒地聚集到驻扎英军的英王街上，对那名凌辱学徒的英军投掷雪球以泄愤。英军指挥官普利斯顿上尉下令开枪，打死了5名群众，全部是水手、工人和学徒。
这一事件被称为“波士顿惨案”。
这时的富兰克林继1768年被乔治亚、1769年被纽泽西委任为代理之后，于1769年12月被委托为麻萨诸塞的代理人。1月17日，他为他的新使命谒见英国殖民地事务大臣希尔斯伯罗。但希尔斯伯罗在麻萨诸塞事务上表现出的无知和偏见，使富兰克林转身离去的时候说了几句尖刻的告别辞：“请公爵大人原谅我占用了您那么多的时间。我感到一个代理人眼下对任何一个殖民地都没有什么用处。所以我不会再给您找什么麻烦了。”这几句话惹恼了希尔斯伯罗，他后来对其他人说，这些话“等于当面告诉他，在他的任期内，殖民地休想得到好处和公正”。
作为麻萨诸塞的代理人，富兰克林坚决地站在这块殖民地一边，为北美洲殖民地的利益奋斗。在宾夕法尼亚，甚至当他领导着州议会的时候，他还时而站在议会和州长之间从紧急状况的需要出发作些调解。但是，他在波士顿的主要联系人托马斯·库辛和塞缪尔·库柏一向是反英的，富兰克林和他们站在一起。富兰克林在他1771年5月15日给通讯委员会的信中预言了压迫的加剧和革命的发生都将是难以避免的。他写道：
“我想人们可以清楚地看到，在国会的法案向美洲实行的关税体系中，播下了两个国度彻底决裂的种子，尽管那一事件可能距离我们还相当遥远”。“人民越是不满，更苛刻的措施越被认为需要采取；严厉的惩罚被用来进行恐吓；权利被剥夺；于是，更大的军事力量被用于保证执行措施；费用将会增多；由于费用被以为是正当的，便引起进一步的榨取，要人民支付它；那么一来，英国国家和政府将变得可憎，而