尽管富兰克林和亚当斯、杰斐逊同为最早、也是最坚决地主张殖民地与英国决裂的会议代表，可是在独立的问题上，宾夕法尼亚却掉在后面了。已经分裂的宾州代表们受到保守的州议会的约束，而州议会正在州政厅另外一个房间开会。作为大陆会议的会址，费城有可能成为独立后国家的首都。因此，大陆会议决定干预该州的内乱。5月，会议通过决议，敦促尚无称职政府的各州加紧组建这样的政府。宾夕法尼亚人民在州政厅院子里召开群众大会，要求废弃英王授予的旧宪章，制订新宪法，建立新的立法机构。6月14日，宾州议会开会。4天后，一个各县委员会代表会议解散了旧议会，呼吁在7月召开宪法会议。
在这场变革各州州政的暴风雨中，威廉·富兰克林作为殖民地时期英王委派的纽泽西州长，受到了冲击。革命群众将他押往他在伯林顿的庄园，看管起来了。5月24日，大陆会议决定将他遣送到康涅狄格。尽管由于他父亲的缘故，威廉·富兰克林可能受到一些宽大，但他毕竟是效忠派分子。在康涅狄格，无论是在假释期间还是确实监禁在里奇菲尔德监狱，他做了两年多的阶下囚。
6月10日，大陆会议委派一个委员会起草一份宣言。这份宣言可能向全世界公布。委员会包括杰斐逊、亚当斯、富兰克林、康涅狄格的罗杰·谢尔曼和纽约的罗伯特·R·李温斯顿。这5人碰头后，推选杰斐逊草拟初稿。初稿完成后，杰斐逊将它拿给富兰克林和亚当斯过目，也许不止一次。6月28日，该委员会将宣言草稿提交大陆会议。7月4日，经大陆会议修改过的宣言被通过了。8日中午，会议向群集在州政厅外的费城群众宣读了宣言。10日，宣言在《宾夕法尼亚杂志》上发表，人们称之为《独立宣言》。8月2日，会议代表签署了《独立宣言》。
富兰克林和亚当斯一样，只对宣言的初稿作了少许改动。对杰斐逊指控英王批准议会法案“以剥夺我们的宪章，从根本上改变我们政府的形式”，富兰克林在两句之间插上了一句“废除我们大多数有价值的法律”，因为他记起了当年宾州议会通过的许多法案都遭到英国议会否决；对杰斐逊写到的北美洲殖民地的请愿书被“答以一次又一次的伤害”，富兰克林将其改为“仅仅答以一次又一次的伤害”以加重语气；对于杰斐逊指控英国政府派遣外国雇佣军来企图“将我们淹没在血泊中”，富兰克林将它改为不那么夸张的“消灭我们”。但最后这一处被大陆会议删去了，以避免伤及英国人民。
和《独立宣言》的起草、修改和发表这样庄严、重大的事件相联系的还有这么一段趣闻。就在大陆会议修改《独立宣言》草案期间，杰斐逊后来回忆说：“我坐在富兰克林博士身旁，他觉察出我对这些改动不无想法，便说，‘我订了个规矩，不论何时，只要我做得到，我总避免起草将要由一个公共团体审查的文件。我这个教训是从这么一件事得来的，让我讲给你听。当我还在给一个印刷商帮工时，我的一个伙伴是个帽商的学徒，他在学徒期满后准备自己开店。他首先关心的有一块措辞恰当的漂亮招牌。他编了这样的话：“约翰·汤普森，帽商，制作并现钱出售帽子”，还画有一顶帽子。但他想到该让朋友们对它作些修改。第一个朋友认为既然后面有“制造帽子”的字样，前面的两字“帽商”便是累赘，应该删去。那两个字擦去了。下一位朋友认为那“制作”二字不如略去，因为顾客不会在意帽子是谁制作的，只要合他们的意，他们就买。他把那两个字又擦去了。第三位朋友说，他认为“现金”两字是多余的，因为当地没有赊帐的传统，每个买东西的人都会付钱的。它们又被擦去了。招牌上的字现在剩下了：“约翰·汤普森出售帽子”。“·出·售帽子？”下一位朋友说，“为什么？没有人会以为你会送给他们。那这两个字有什么用？”它们又被