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到1890年十月，日军因为战事以及伤病等原因，阵亡达八百余人，另有将近一千余人失去战斗力，旅团长大佐大岛义昌也因感染痢疾而发起了高烧，几乎重病不起，被迫回国养病。日军攻势受挫。
1890年11月，日军再次向棉兰老岛增兵一个混成旅，以少将川村景明为指挥官，再次对棉兰老岛的叛军进行扫荡。
1891年1月，日军已经占据棉兰老岛一半的土地，但叛军借助地利，依旧不停的对日军展开反击。而在土著出其不意的袭击以及当地湿热的天气等问题，日军在两个月内再次出现大幅度的减员，总数超过两千人的士兵失去战斗力。
此时，远在日本的山县有朋等人才知道自己接下了一个烫手的山竽。但是他们已经骑虎难下。而且，通过前线日军的考察，他们发现棉兰老岛远比想象的更加富饶，尤其是那大片大片未开发的肥沃土地，一年四季都可以进行种植……所以，经过商议，日本再一次派出了一个师团，以中将儿玉源太郎为首，率东条英教、小川又次、田村怡与造等陆军精英前往菲律宾。而与之同行的，还有大批贫苦的日本农民……
就这样，一直到1891年6月，日军终于初步扫清了棉兰老岛，虽然还有零星的反抗，但已经难以影响大局。但是，在这将近一年的扫荡中，日本付出了大量的伤亡，一个师团又两个旅团，光是阵亡就有将近四千人，另有六千多人受伤以及五千多人染病……如果不是因为死命坚持，部队可能早早地就失去了战斗力。
不过，虽然伤亡惨重，日本人还是觉得物有所值。勤劳肯干的日本农民在棉兰老岛进行了大面积的垦荒，大批的良田被开垦了出来，再加上棉兰老岛的一些特产，使得原本因为军队伤亡过重而郁闷不己的山县有朋等人勉强给了自己一个高兴的理由。不过，仅仅是农业上的开发还不能满足日本人，大批的商人和工矿人员开始朝菲律宾进发，日本人要在棉兰老岛进行更深层次的开发，并且寻找他们最为稀缺的矿业资源……
而就在日本人在菲律宾，在棉兰老岛大动干戈的时候，远在太平洋东岸的唐州也没有闲着。
1891年8月，巴拿马运河终于开通。这条原本预期要用十多年才能完工的运河在大批华工的辛勤劳动下，不足十年便宣告通航，堪称奇迹。在巴拿马运河的开通，也意味着以郭金章为首的唐州正式掌控了太平洋与大西洋之间的交通咽喉，意味着大笔大笔的金钱将进入到唐州的口袋。
而就在巴拿马运河开通之后，在唐州的暗中运作之下，委内瑞拉的阿普雷州等几个靠近哥伦比亚边境的的州突然宣布脱离委内瑞拉，加入哥伦比亚。对此，哥伦比亚政fu表示无任欢迎，国防部长桑托斯迅速派出军队前往该地，并在当地政fu的协助下完成了布防。委内瑞拉此时才刚刚摆脱内战，重新选举出新总统，看到这个情形自然是大为愤慨，可面对强势的哥伦比亚他们却甚是无力，在经过一番没有效果的抗议和轻微交火之后，不得不宣布阿普雷等州反叛，将其“驱逐”出了委内瑞拉。但是，委内天拉政fu并不知道，他们最终的认命反而坚定了哥伦比亚逐步蚕食委内瑞拉的决心，并最终在十多年后将整个委内瑞拉，还有厄瓜多尔全部吞并，重新建立了大哥伦比亚共和国。而桑托斯这个被唐州所推举出来的代言人也成为了新成立的大哥伦比亚共和国的第一任总统。
而就在哥伦比亚吞并阿普雷等州吸引了大批的注意力的时候，唐州也开始了自己的另一番运作：修筑巴拿马运河的七万多华工被唐州政fu毫无信义的全部运到了得克萨斯东南部，被迫开始了80公里的休