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十年，日本以大藏卿藤原宗臣为专使来聘，命授李鸿章钦差大臣，应宝时、陈钦副之，与议条款。日使初请照西约办理。久之，始订条约十八款，通商章程三十三款，互遣使臣，设领事，以上海等十五口与日本横滨等八口通商，而禁其私入内地，微异西国。诸约既成，宗臣来献仪物，期来年换约。十一年，日本罢宗臣官，遣柳原前光诣北洋大臣李鸿章交日本外务卿副岛照会，谓来岁与欧西诸国改修条约，欲酌改所议事件，与欧西一律，豫拟条款请商。鸿章答以去秋甫经立约，尚未互换，此时遽行改议，殊非信守。特令津海关道陈钦等与商，均俟换约后照约商办。
十二年四月，日本使臣副岛种臣来京换约，遣其随员柳原前光、繙译官郑永宁诣总署询三事：一询澳门是否中国管辖，抑由大西洋主张？一询朝鲜诸凡政令，是否由朝鲜自主，中国向不过问？一询台湾生番戕害琉球人民，拟遣人赴生番处诘问等语。王大臣等当与辩正。寻命李鸿章为换约大臣，与之互换。副岛种臣并致国书，庆贺大婚及亲政大典。时各国因请觐，报可，副岛种臣亦请面递国书，许之。寻进贺仪方物，答以礼，并给玺书。副岛种臣照会，使事毕回国。李鸿章以日本换约时，其上谕内仅盖用太政官印，未用国玺，駮令换用。繙译官郑永宁谓：“本国向与西洋各邦换约，均钤用太政官印。”鸿章谓：“见尔国副本，声明钤用国玺，又上海道抄送总领事井田让等敕书，亦用国玺。”郑永宁允回国换寄。时日本未设驻京公使，交涉事讬俄使倭良嘎哩代办。
十三年三月，日本兵船至厦门，声称赴台湾查办生番。李鸿章致书总署，谓：“各国兴兵，必先有文函知会，因何起衅。台湾生番一节，并未先行商办，岂得遽尔称兵？”既闻美人李让礼带领陆军，又雇美国水师官领兵船，欲图台湾。李鸿章复致总署，谓：“此事如果属实，不独日本悖义失好，即美人帮助带兵，雇商船装载弁兵军械，均属违背万国公法，且与美约相助调处之意不符。应请美使遵照公法，撤回李让礼等，严禁商船应雇装载弁兵。日本既无文函知会，仅将电信抄送上海道。云派员往台湾查问，难保不乘我不备，闯然直入闽省，应先派兵轮水师，往台湾各港口盘查了望，另调得力陆军数千，即用轮船载往凤山、琅軿附近一带，择要屯扎，为先发计。”乃日本兵船忽犯台湾番社，以兵船三路进攻，路各五六百人。生番惊窜，牡丹、高士佛、加芝来、竹仔各社咸被焚。其时尚有兵轮船泊夏门。于是台湾戒严，命船政大臣沈葆桢渡台设防。葆桢密疏联外交、储利器、储人才、通消息四事。闽浙总督李鹤年亦陈台湾地利，并遣水路各营分往凤山、澎湖等处屯扎。
是月日本攻生番网索、加芝来等社，移兵胁龟仔角社，社番誓不降。帝命福建布政使潘霨赴台湾会商设防。五月，沈葆桢、潘霨率洋将日意格、斯恭塞格至台湾，奏陈理谕、设防、开禁等事，皆报可。初八日，潘霨偕台湾兵备道夏献纶及洋将日意格、斯恭塞格等，乘轮船由安平出海抵琅軿。诣日营，晤中将西乡从道，示以葆桢照会，略云：“生番土地隶中国者二百馀年，杀人者死，律有明条，虽生番岂能轻纵。然此中国分内应办之事，不当转烦他国劳师糜饷。乃闻贵中将忽然以船载兵，由不通商之琅軿登岸。台民惶恐，谓不知开罪何端，使贵国置和约于不顾？及观贵中将照会闽浙总督公文，方知为牡丹社生番戕害琉球难民而起。无论琉球虽弱，侭可自鸣不平。即贵国专意恤邻，亦何妨照会总理衙门商办。乃积累年之旧案，而不能候数日之回文，此中曲直是非，想亦难逃洞鉴。今牡丹社已残毁矣，而