遭黜削而能尽忠，仁愿秉节制而能推贤，皆可谓君子矣。”
此后，百济旧地即大唐熊津都督府进入休养生息阶段。
刘仁轨已六十三岁，他在熊津都督任上尽心尽力，走下战马的将军致力于将百济旧地经营为大唐的一片沃土。
他下令军民收敛骸骨，并由官方出面公开祭祀所有亡灵；并制定详细计划“修录户口”、“整理村落”，使普通百姓具有基本的安居之所；他还一改百济原有的方、郡、县行政体制，重新编为府、州、县，与大唐内地行政序列保持一致性，“署置官长”，在各级行政体制的位置上，有百济人也有汉人。更有诸如“开通途路，建立桥梁”、“补葺堤堰，修复陂塘”、“劝课耕种，赈贷贫乏”等具体的战后重建措施。而“立唐社稷”、颁示正朔是最具有象征意义的措施。供奉大唐社稷，则意味着遵大唐正朔，这充分说明此时大唐对百济旧地所进行的管辖是直属性的，已经不同于羁縻州序列。
刘仁轨的努力效果明显，短短几年之内，“百济大悦，阖境各安其业。”其战后重建工作得到唐朝中央政府的支持，大唐高宗也已经意识到，在半岛之上对新罗不能过度依赖。
九 日本人的忧虑
日本舰队全军覆没、唐军展示出来的强大的综合实力使日本认识到与唐帝国的巨大差距。日本立即进行本土防御准备，大规模构筑沿海防御工事，在对马岛、壹岐岛、筑紫国等地布置防务、设烽火台，又在筑紫修筑水城，严阵以待，以备唐军乘胜进攻日本本土。
这次战争对大和朝廷上下震动极大，作为一场涉外战争，白江口之战对日本的震慑仅次于二战后日本对于美国人的恐惧。
白江口之战结束半年之后，有一批从大唐熊津州出发的使者来到日本对马岛，使团的人数有百余人。这也是大唐与倭国在半岛交锋后第一次向倭国派出使者。
以天智天皇和大臣中臣镰足为首的大和朝廷，面对唐朝使团一筹莫展，只是下令拖延接见，随后又做了谨慎的接待工作：一方面拒绝唐使进入日本内地，另一方面派出五年前的遣唐使副使津守吉祥连参与接见。
这支使团的背后是主持百济事务的刘仁轨，目的在于掌握日本军事动向。
日本方面谨慎的原因在于，刘仁轨将军是大唐中央政府在地方上的军政首脑，他所派出的使团就只能代表百济地方，如果日本接受了这种外交模式，就等于认同本国与大唐熊津都督府处于同一个外交等级之上，从而就失去了直接与大唐中央政府对话的资格。这无疑将对刚刚承受战争失败的大和政权造成压力。
实际上这批唐朝使团的来访还有一个重要的目的，就是安抚和警示日本。此时熊津都督府正在主持百济旧地的战后重建工作。恢复并进一步提升百济地方的经济实力，不仅可以使地方安定，还可以为接下来的征讨高句丽事务提供安全有效的侧翼保证。
日本方面所担心的是遭到大唐远征的心理在这个时候弥漫全国上下，如果日本战略判断失误，做出非理智的外交对策，将会对唐朝的东北事务造成不必要的压力。对日本进行外交安抚和警示，目的在于在半岛外围创造出基本安全的外部空间，此举具有很高的国际战略价值。
但是日本所进行的应对工作也表明，该国的外交工作也渐渐圆熟起来，一方面他们坚持不以朝廷名义与使团接触，另一方面又让地方官僚出面，保留了与唐朝进一步沟通的渠道。只从这一点来说，中大兄王子和中臣镰足已经表现出了7世纪优秀政治家的风范。
公元666年冬，唐高宗任命名将李勣为辽东道行军大总管兼安抚大使，统率数道唐军出击高句丽。加上高句丽此时出现内讧，所以面对唐军的进攻，高句丽军队节节败退。
公元668年（唐总章元