与此同时，因为袁崇焕的开门揖盗，导致了长城防线崩溃，京师被围的“己巳虏变”。为了应对后金军的长驱直入，朝廷在惊慌失措之下颁发了天下勤王令，强行将数万精锐西北边军从山西、陕西调往京师，陕西巡抚刘广生无奈之下暂停剿匪诸事，急忙率领亲军赴京勤王，结果造成了陕西的兵力空虚。
于是，无数“已降”的饥民流贼趁机再度举旗叛乱，小股流贼或明或暗割据层峦沟壑之间，一旦官军来剿就四处流动，如水银泄地，难寻踪迹。大股流贼因为陕西无粮可抢，开始越过黄河杀入山西。继而又向河南、北直隶甚至山东不断渗透，一边避免跟官军正面交锋，一边展开避实就虚的运动战。
到了这一步，招抚之策已经无法进行下去，朝廷改用剿杀策略，到处镇压民乱。此时的流民军还很弱小，组织更是涣散，官军很容易就将这些乌合之众击败，战事呈现一边倒的情况。但是由于流民军分布广泛，数量众多，而且流动性大，官军的这些胜利并没有解决问题。任何一场战斗或是任何一支流民军的失败，都无碍大局，改变不了日趋恶化的战局。接下来发生的裁撤驿站事件和新一轮边军哗变，使得大量的失业邮差（例如李自成）和边塞逃兵加入到流寇的队伍之中，进一步壮大了西北流民军的队伍。
但明朝毕竟树大根深，不是轻易能扳倒的。新任三边总督洪承畴以铁血手腕治军，极端残酷地大肆屠杀饥民，终于一度扭转了陕西乱局——这个人是彻头彻尾的实用主义者，手狠且心黑，跟成吉思汗很有共同语言，对于西北乱民如麻的糜烂时局，他的解决对策只有一个字：杀！把人都杀光了，天下就没事了！
崇祯四年上半年，洪承畴打赢了河曲之战，杀了陕北流寇总盟主王嘉胤，之后又逐步清理了陕北的其余各路流民军，无论壮丁还是妇孺老弱，一律杀光，逼迫得他们在陕西无处存身，纷纷渡河窜入山西。
结果，在陕西“匪患”逐步平息的时候，山西的局势却是越来越乱。到了崇祯五年的春天，至少有二十万流寇活跃在吕梁山、太行山之间，山西、河南、北直隶三省不少府县全都饱受滋扰。
但此时的北京朝廷忙于应对辽西的大凌河之战，以及又一次破关南下的鞑虏偏师，之后又要对付登州叛变和山东闻香教大起义，非但没办法从别处组织援军，增强山西的兵力，反而还得从山西抽调兵力勤王和援助其它战场……而这些兵力多半都一去不复返，导致山西的防务变得异常空虚。
于是，云集在山西各处偏僻山区的数十股陕西流寇，便聚集起来进行会盟，商讨下一步的进攻方向，结果却是互不相让，最终只得分兵两路，各自展开了大行动。其中一路由王嘉胤死后的新任盟主王自用率领，从吕梁山南下河南，招募黄泛区的灾民壮大声势，准备一口气席卷中原。另一路流寇集团则推举自号“闯王”的高迎祥为首领，准备倾尽全力强攻省府太原，夺取囤积在城内的大量粮饷物资。
另一边，当时的山西巡抚许鼎臣，比起三边总督洪承畴差了太多，总的来说是个自诩为兵法天才的水货——为了平定流寇，他想尽办法从陕西、甘肃、宁夏拉来了一些兵马，光是总兵就有三个，却完全没考虑这些互不统属的部队如何配合，也没准备好后勤供给，好像这些外省官军只靠喝西北风就能打仗似的。
更糟糕的是，这位许鼎臣巡抚因为读过几卷兵书的缘故，还跟后世苏联派到中国工农红军当顾问的李德同志一样，喜欢坐在千里之外的陕西巡抚衙门里，对着错误百出的古代地图排兵布阵，把部队整天调来调去，指挥得乱七八糟，往往还没等他布出个形状，官军就已经走路走得累垮了，而流寇也杀上门来了。
最要命的是，此时正值太原守军因欠饷而哗变，继而爆发内讧，从城里到城外杀得人头滚滚。高迎祥却