看来，穆拉德贝伊军是要在开罗前面的一个叫做伊巴巴的村庄与他们决战。拿破仑一往无前。下午4点，风尘仆仆的绵延数英里的拿破仑远征军抵达了离开穆拉德贝伊军一英里半的地方。
穆拉德贝伊军和尼罗河对岸的易卜拉欣贝伊军杀气腾腾。但法国人有所不知，舒布拉希特一战法军获胜已经造成了开罗城的恐慌。据埃及历史学家阿拉曼记载，法军兵临城下的消息，“加剧了人民的恐慌……尼罗河两岸都是我们的大炮和军队……尽管做好了这些准备，马穆鲁克王室仍然怕得要死”，开罗的富人“已经收拾家当准备一旦我军抵挡不住便逃之夭夭，政府竭力阻止人们逃离城市”。同时，###教圣族后裔领袖埃芬蒂从城堡扛出先知的绿旗，“在数千手持棍棒的教徒护送下，大声诵读着经文前去助战。整个埃及处于混乱之中……”阿拉曼继续写道：“每个人都祈求真主保佑他们战胜法军。”首都开罗只留下了女人、孩子和老人，他们躲在泥屋后面。“杀人暴徒控制了这座城市”，愤怒的暴民抢夺了大部分欧洲人、基督教阿拉伯人、埃及基督徒、希腊人和犹太人，从他们的教堂、寺院以及他们家中抢走了一切值钱的东西。“他们要杀死所有犹太人和基督徒”，在留守的马穆鲁克当局强烈干预下，才阻止了一场大屠杀。“他们每天都知道法国人离开罗愈来愈近了，但当局在部署抵抗时仍然举棋不定。埃及军队对自己缺乏信心，没有采取任何有效的措施对抗法军。”
在有着一条干枯运河的开阔的平原上，德塞的师团摆开方阵，形成法军的中军部队。左翼和右翼师团各在一边，两翼之间是小型机动野炮。总共5个师团，每个师团组成一个方阵，面向敌军一字排开，共约24；000人，形成了一道“不可逾越的刺刀的城墙”。随着鼓点和军号声，德塞师团首先向前缓缓移动，接着其他师团也迈步前进。
刹那间，沙土飞扬，马蹄声大作，数万名马穆鲁克骑兵发出狂野的呼喊，以排山倒海之势扑向法军方阵。战场上顿时枪炮齐鸣，人喊马嘶。马穆鲁克军遇到了精心布阵的法军的滑膛枪和榴弹炮的致命打击，成片的骑兵被扫倒。骑兵奋勇冲杀，想从不同方向突破法军阵线，但是法军“方阵”的布局可以击退来自各个方向的袭击。少数冲进方阵的马穆鲁克骑兵也死于刺刀丛中，法军方阵岿然不动。残存的马穆鲁克骑兵不得不后撤，中央的德塞师团截断其退路，马穆鲁克骑兵死伤约3；000多人。左翼法军突入敌步兵军团阵地，越过土垒，夺取了60多门笨重的大炮。右翼的法军击溃了穆拉德贝伊军的部落兵，慌不择路的部落兵成群跳入尼罗河中，约1；500人溺死水中。来不及跳河的均遭法军杀戮，如同贝尔蒂埃所说，这是“一场可怕的大屠杀”。
右岸的易卜拉欣贝伊军乘船渡河欲援救穆拉德贝伊军，但大势已去，他们遭到佩雷的炮舰轰击。与此同时，狂风大作，河上浊浪翻腾，黄沙漫天，易卜拉欣贝伊军什么也看不见，只得退回右岸。两岸的大炮一刻不停地轰击着。“我们的耳朵被炮声震聋，”阿拉曼报告道，“大地在颤抖，苍穹仿佛要落到我们头上……”弥漫的黄沙“给世界带来了黑夜”。
不到一个小时，战斗就结束了。穆拉德贝伊带着残存的骑兵向南朝吉萨金字塔逃跑，易卜拉欣贝伊军则向东逃进荒漠，像变魔术似的从视线中消失了。为数不多的法国骑兵朝吉萨金字塔方向穷追穆拉德贝伊军直到当晚9点才停止。
此时，近在咫尺的开罗城内一片恐慌，难民如潮，他们携带着能够带走的财物朝城东门蜂拥而逃。一旦逃出城外，他们面对的是偏远村落里贫穷的埃及人。“不幸的难民遭到这些阿