书院门前石坊下远眺，西边是风景秀丽的惠山，东边是耸立的城墙。步入院内，古柏参天绿树成荫，石舫长廊清静喜人，池中种有荷花，红鲤鱼在水中轻游。东林书院共占地二十亩，是一个左庙右学的格局，左边建有道南祠，内供书院创始人杨时的神位。右边是一系列的讲学建筑，包括丽泽堂、依庸堂等讲堂。
开学在即，顾宪成决定乘船北上淮安，与漕抚李三才会晤，一同商定有关书院的办学宗旨、会讲的时间内容及教师的聘用等重大事宜。当他到达淮安时，已是晚饭时分，李三才先请他用饭。顾宪成瞅见桌上仅三四盘菜，且内容平常，他以为主人一向节俭，没料到第二天午饭，餐桌上一下子就摆上了十几盘精美的菜肴，有“兰花鲍鱼”“竹叶蒸鸡”“八宝葫芦”“蝴蝶蒸饺”等一水的淮扬菜。顾宪成一脸的惊讶，用筷子头指了指李三才，说：“道甫，你这是——，昨晚与今日天壤之别，哈！”
李三才豪爽一笑，说：“泾阳，你还不了解我，我是存不下钱的 ！我交际广，花钱如流水，常是捉襟见肘。近来又迷上了古董，对啦，前天我刚淘来一件‘剔彩双龙长方盒’，是宫廷制品，四边雕着缠枝花卉，花了不少银子。顾兄， 昨晚多有怠慢，今天聊以补偿，来，我先敬你一杯。”
饭后，二人促膝而谈，先是议论了一番办学宗旨，顾宪成胸有成竹地说：“六个字：读书——讲学——救国” 。李三才赞同地点点头。顾宪成解释说：一个人若在朝廷做官，念头不在纠正朝廷和君王的失误上；在地方上做官，念头不在造福百姓上；在林下水边讲学，念头不在救世上，君子不齿也 ！
接下来两个人商定了会讲时间和会讲内容。时间定为每年一大会，安排在秋天；每月一小会，进行三天。至于会讲内容，顾宪成提出以《四书》为主，李三才补充说还应辅以一些贤君贤臣的事例，如唐太宗魏征诸葛亮王安石等。二人都主张学以致用，特别是顾宪成，他从自己二十年的讲学实践中，深感程朱理学的某些内容崇尚空谈，他对李三才讲，学问通不得百姓日用，便不是学问 ！李三才颇有同感，他建议应由“学宗程朱” ，转向崇尚“实学” 。在培养目标上，两个人观点一致，都认为应造就一些气节之士，如于谦，粉身碎骨都不怕，只留清白在人间；如弹劾严嵩的杨椒山，扶国纪而明人伦，虽身死而不惜 ？随后，顾宪成提及师资一项，他说：“书院由我和高攀龙主讲，还需请几位外面的饱学之士。”李三才笑了，说眼下就有几位，如邹元标和赵南星，他二人的学问道德，你是最清楚不过了？还有一位，原礼部侍郎孙慎行，是你们这里常州人，极有学识的，他们三人都是难得的人才！顾宪成也笑了，说了句“我倒是舍近求远了。”
之后，李三才问起书院日常经费的来源，顾宪成仿佛成竹在胸，他说：“道甫不必多虑，书院有基田六亩，园田十亩，算作院产；另有士绅们新捐学田二百亩，足可维持。”此时李三才突发奇想，他问顾宪成：“可曾拟好了院歌 ？”
顾宪成开始一怔，随即恍然大悟，拍了一下手掌，说：“我倒把这事给忘了！院歌是必不可少的 。我看，干脆就用龟山先生的那首诗做院歌，你看如何？”
李三才说：“你是说先生游庐山东林寺，写的组诗《东林道上闲步》吧，我看第一首最好。”
顾宪成赞同地点点头，随口吟出了这首诗：“寂寞莲塘七百秋，溪云庭月俩悠悠。我来欲问林间道，万叠松声自唱酬。”
两个人议完了正事，接着随便聊起了朝中之事，顾宪成脸上平添了几分忧色，说：“皇上怠政，矿税死灰复燃，边疆渐危，民不聊生，你我读圣贤书，为社稷臣民，岂有不担忧之理 ？道甫，在我们一群人中，你算个豪杰，可有什么济世的良策？”
李三才属于那种举