臣的身份，管理兵部事务。
孙临危受命，他在给皇帝的奏疏中写道：士兵没有经过训练，派武将临阵作战却用文官指挥，每日作战必须请示朝廷，这一切都是兵家大忌。今后绝不能再让文官凌驾武将之上！至于小胜小负，朝廷都不值得过问？针对当前的局势，孙提出安抚西部蒙古，抚恤边镇百姓，减少京城驻军等措施，皇帝朱由校一一准奏。
二月十三日，朱由校下令逮捕王化贞，对熊廷弼则遣回原籍，削职为民，听候审查。熊回到家乡湖北江夏不久，辞官在家的杨涟便来拜访了。因二人是同乡，杨涟的话说得直截了当：“有人说经、抚同罪，我不这么看！熊经略奉圣上之旨，驻守山海关，今山海关未丢，不可说‘脱逃’；与王化贞弃城逃走一事，不可同日而语。”
熊廷弼听了，脸上露出一丝苦笑，至今他依然是一肚子委屈，忿忿地说：“这叫打得什么仗，真窝囊到家了，一想起来我就憋气！我三次赴辽，这一次是让人牵着鼻子走，脸面都丢尽了。”
杨涟看出熊仍陷在怨天尤人的情绪中不能自拔，便帮他分析说：“经略第一次赴辽，可圈可点；第二次赴辽，使辽东转危为安，有守土之功；本次赴辽，经略无功有过啊！……”听到这里，熊廷弼一阵惊愕，反问说：“请问杨大人，我‘过’在哪里？”
杨涟不慌不忙回答：“王化贞弃城逃走时，金兵远在沙岭，此时经略若能率兵入广宁城死守，不论胜或负，旁人无可指摘，这是其一；其二即便广宁失陷，当时辽西的锦州、宁远、大下凌河等要塞还在我军之手，若经略不意气用事，身先士卒坚守这些要塞，整个辽西只能说是残局，不至于全盘皆输，如今——；说到其三，经略莫怪我言重，这一仗有失气节。我本以为经略宁肯战死沙场，也不会临阵退却。……”
熊廷弼默默听完杨涟的评说，仿佛有一种豁然开朗的感觉，他感慨地说：“杨公高论，廷弼心服，如今悔已晚矣！我此次赴辽，一失人和；二失于天时，没料到后金会在辽河封冻时发起进攻；三失于地利，沙岭一战，后金平地作战，正好发挥了他们骑兵的优势。”说到这里他长叹一声。
熊廷弼不战自退，错失辽西，让一贯支持他的次辅刘一燝，成为了众矢之的。
给事中孙杰自参倒吏部尚书周嘉谟后，颇受秉笔太监魏进忠的赏识，这一次乘广宁失守之机，在魏进忠的怂恿下，他首先发难上疏弹劾刘一燝。魏进忠憎恨刘一燝，这还得从修建庆陵（即误服红丸药而死的先皇朱常洛陵墓）说起。去年九月庆陵竣工，魏进忠把修陵之功据为己有，皇上偏听一面之词，竟荫封他为都督同知，但他仍不满足，还要求荫封他的子弟，遭到了阁臣刘一燝的坚决反对。刘引用典章制度反驳说：“内臣中除担任司礼监掌印太监和提督陵墓工程的人，谁都不能享受荫封子弟为官的恩典。”魏进忠的愿望受阻，便萌生了驱走刘一燝的念头， 于是他又想到了言官孙杰。
孙杰疏参刘一燝，他的借口无非是说刘举荐了熊廷弼，致使辽西失陷。孙在疏中给刘一燝扣的罪名是“中旨错出，致误辽战” ，还有什么党救同类，死保熊廷弼等。孙疏一出，附和者纷纷上阵，有刑部主事徐大化，本是浙党，一贯与东林为敌，曾在辛亥京察中被削官，后又在前首辅方从哲的帮衬下复了官，此时他跳出来趁火打劫，上疏诬说刘一燝之弟“刘一献” ，是后金的奸细。其实他这是旧帐重提，何况此事早已结案。早在广宁失守后，别有用心者就曾大谈此事，后经刑部员外郎顾大章调查，发现此事纯属张冠李戴。刘一献是后金奸细不假，但非刘一燝之弟，彼此毫无瓜葛。刘一燝仅有二兄，一名刘一昆，一名刘一煜，皆与奸细刘一献未曾谋过面。此次徐大化重翻老帐，无非是想投石下井，助孙杰一臂之力。
面对言官对内阁第二