崇祯十五年正月，孙传庭被起用为兵部右侍郎兼右佥都御史，出任陕西三边总督，率兵援救开封。
皇帝密令诛杀援剿总兵贺人龙，孙传庭为麻痹人龙，上奏朝廷，为他的老部下求情：
“贺人龙是臣的旧部啊，此人性情粗犷，骁勇善战，曾为大明立下赫赫战功，乞求皇帝陛下能赦免他的死罪，让他戴罪立功吧。”
朱由检几次拒绝后，终于很不情愿的勉强答应，同意放贺人龙一马。
和崇祯皇帝演完这出双簧后，孙传庭请求皇帝，允许他推迟至二月再驰援开封，他准备先整饬京营。
不用说，这个请求，被皇帝果断拒绝了。
倒不是担心孙督师会效仿袁崇焕故事，借练兵之口进入内城——孙督师看起来要比袁督师可靠得多——只因眼下户部粮草匮乏，皇帝也没钱。
卫戍京城是一会事，整饬操练又是另一回事，每日人吃马嚼就不是个小数目，朝廷不愿也无力承担这笔额外开支。不论是崇祯皇帝还是京城勋贵，都只想尽快把丘八们送往河南，一战剿灭流贼，皆大欢喜。
孙传庭虽久为外臣，却早已谙熟京营情形，他在陕西练过兵，知道强军的样子，他甚至怀疑，现在带着这群乌合之众奔赴开封，估计还没到目的地，八千兵马就溃散大半了。
京营建制创立于永乐年间，分神机营，三千营和步军营，统称三大营，早期颇有战功，战力极强，算是精锐中的精锐。
“永乐十二年，成祖自统京营兵出土剌河击瓦剌，宣德三年，宣庙自领铁骑出喜峰口击兀良哈，此京兵之出征，见于国初者也。嗣是而后，如正统九年，成国公之御太宁朵颜；成化二十年，余子俊之讨亦思马因······凡此皆用京营兵也”（注释1）
然而，明中叶以后，京营日渐崩坏，崇祯二年，李邦华任京营提督时，发现京营“十万大军，实际仅存一万七千”，且“全无号令，不谙步伐”。火器“点放不齐，仰天虚发”，军中紧缺的战马也“不可问”。装备被士兵私自贩卖。来京共同操练的班军（注释2）也从以前的十余万变成“五千三百四十二”，就连司令部（戎政府）的储备银也被人盗窃一空。
李邦华提出“一补军伍，一精练拔，一清占役，一节马差，一省马军，一；练神器，一习飞石”的改革方针，势要一改本朝之积弊、还天子一可战之军。
己巳之变后，以襄城伯李守錡为代表的京师权贵，诬陷中伤李邦华，将其驱赶下位，至此，京营越发糜烂。
孙传庭力争之下，皇帝勉强同意给他二十天时间，“整饬兵马，努力练兵，之后即卷甲出关，毋得拖延！”
二十天时间，又要整饬军队，又要协调粮饷，还有筹划行军路线，更别说每日迎接同僚们给他的送别····孙传庭虽然年富力强，然而各项事务堆积在一起，急如星火，他又是刚从诏狱出来的人，只过了三天，体力就支撑不住了。
孙世瑞听闻父亲病倒，大声哭泣着跑到崇文门，不顾太监的阻拦，跪拜宫门、击登闻鼓，请求皇帝能给予自己一官半职，效命军中，随父同行，照料父亲饮食起居，成全他的拳拳孝心。
京师的御史言官们被孙世瑞的孝心感动，纷纷上疏崇祯皇帝，代为恳请。
于是崇祯皇帝朱由检顺水推舟，以孙世瑞仪表魁伟，身长八尺，能左右射，武艺绝伦。“特简”他为百户官，戍卫督师，京营是天子禁军，京营将官可以由皇帝随意任免的，所以这道任命不需要经过吏部或是兵部堂官。
百姓们称赞孙公子至纯至孝，清流们更是将他比作涌泉跃鲤的王朗和怀橘遗亲陆绩，一时之间，孙世瑞竟然成了大明孝子的典范。
就这样，崇祯十五年正月二十一日，孙百户正式上任，协助其父