下人怕得罪、要保俸禄，都不敢尽忠。这样一来，皇上听不到批评而日益骄横，下面因为害怕就只挑好听的说，以取悦皇上。秦法，药方不灵验，那可是立刻就得死的呀。现在，懂天文气象的有三百人，皆良士，因为忌讳就只能说些拍马屁的话，不敢直截了当地批评上面。天下大小事，都是皇上说了算，一天要看几百斤文件，不看完不休息。贪恋权势如此，我们绝不能为他求仙药。”
第二十八章创世纪的伟人也有败笔（2）
两人讨论完毕，既出于害怕，又出于正义感，决定不玩了！于是一起逃亡了，不知所终。
秦始皇听说这两个方士跑了，大怒道：“我不久前收缴了天下不中用之书，全部销毁；又召集大批文学之士和方士，想发挥他们的作用，开创太平盛世，方士却劝我求奇药。现在方士一去无消息，徐福花费巨大，终究也没得到奇药。只有狡诈之徒为了图利，日日报告说有发现。像卢生等人，我赐给甚厚，现在却诽谤我，给我扣上‘不德’的大帽子。这岂能容忍？诸生凡是在咸阳的，我都要派人查问，看是否有以妖言惑众的！”
于是，始皇帝派御史，对首都所有的儒生和方士立案审讯，被审者只有供出有嫌疑的人，自己才可解脱。
高压之下，什么口供没有？如此辗转攀扯，查出犯禁者共有460余人，皆在咸阳坑杀，并公告天下，以警示其他知识分子。这之后，更有大规模的贬谪、流放，对象都是知识分子。
可怜这460多名首都知识分子，是在渭水之滨被坑杀的，据说在今陕西临潼以西20里，就有一处山谷叫做“洪坑沟”，清乾隆时代的临潼县志上载，此地又名“坑儒谷”，就是秦始皇当年的坑儒之地。
秦始皇的长子扶苏，是个有慈悲心肠的人，他对知识分子如此惨遭活埋看不过去，向父皇提出了委婉的劝谏：“当今天下初定，远方黔首还未真心归顺，诸生也还都习惯于尊崇孔子。爹爹您现在全部施以重罚，臣恐天下不安，望父皇察之。”
这番话触怒了秦始皇，他现在只听得进法家言论，听不得“孔子”这俩字，于是他把扶苏派到上郡，去做蒙恬的监军。扶苏这一去，就再也没有踏上归路。
秦始皇把扶苏送到北方边境，是要让他受点锻炼，知道国家不是那么好摆弄的，似乎还没有不再信任的意思，因为监军等于手握兵权。北方的30多万大军，是秦军的精华；从这一点看，秦始皇对扶苏还是寄予厚望的。
现代史学界对始皇焚书一般都予以指责，烧书总是不对的，有的烧了就永远不能恢复。但对于坑儒，却有不同看法，最极端的是《剑桥中国秦汉史》，干脆认为“坑儒事件”是瞎编的。
瞎编当然不大可能，司马迁写《史记》的时间距离坑儒并不远，他不可能把流言当做正史。还有学者说坑杀的都是骗子，不是知识分子，其实方士也是古代知识分子的一种，有劝谏君主的独特功用。秦朝以“查禁妖言”为名，一次坑杀460多个读书人，无论如何也是暴政。
秦始皇功高于天，这不假，但历史人物在做好事的时候，也不可避免地要做一些坏事。古人对于政治，有他们自己的理解。一个开创性的大帝国，应怎么统治，也需要有一个漫长的探索和纠错的过程。
秦始皇焚书坑儒，对知识分子是空前的重创，现在更有人视为民族的千年之痛。他的这一举措，使得原六国的知识分子迅速离心，成为潜在的叛逆者。
专制政权，如果没有知识分子的群体参与，就无法完善和自我纠错。政权只依靠狱吏实行高压统治，使帝国政务变成了单纯的镇压与控制，再加上大工程的劳役空前繁重，百姓不堪其苦，知识分子趁势制造对抗舆论，帝国的基座也就十分不稳了。
物极必反