羅伯特&iddot;李急率南軍迎擊。6月25日至7月1日，李的9萬軍隊同北軍10萬人展開&ldo;七日會戰&rdo;，李以機動尋找戰機，調動北軍，然後尋找北軍薄弱環節發起進攻，把北軍逐出了里奇蒙附近的半島，使北軍損失1．65萬人，南軍也損失2萬人，但在戰略上卻取得了保衛首都的勝利。李乘勝北上，8月底，與北軍進行第二次馬那薩斯會戰。南軍有5．4萬人，北軍8萬人。李高超的指揮藝術發揮得淋漓盡致。他以小部隊把北軍主力吸引到陣地上，主力機動，從側翼和後方發起進攻，然後正面、側面夾擊，一舉擊潰了北軍。北軍傷亡1．4萬，被俘7000人。南軍兵臨華盛頓城下。北軍9月在安提塔姆會戰中才頂住了李軍攻勢。在海戰方面，雖然北方海軍占壓倒優勢，但南方的裝甲戰艦也給北方帶來很大麻煩。
這一階段南方占了明顯優勢。北方失利原因除了南方軍隊素質高和李的傑出指揮外，更主要是因為北方資產階級害怕發生革命，不敢明確宣布廢除奴隸制度，解放黑人，而幻想通過妥協來重新實現南北統一。
林肯不愧是偉大的政治家，他看出要想取得戰爭的勝利，就必須下決心解決黑人和奴隸制這一核心問題。於是他接受了人民的意見，順應歷史潮流，於1862年9月22日，毅然發表了《解放宣言》，宣布從1863年1月1日起美國400萬黑人奴隸獲得解放。這一偉大歷史文件敲響了南方奴隸制的喪鐘。同時，林肯還實行了一系列革命政策，如：頒布《宅地法》，把西部土地分給人民；武裝黑人；實行徵兵制；改組軍事指揮機構，撤換了同情奴隸主、作戰消極的麥克萊蘭，任命格蘭特為總司令，向富人征累進所得稅，鎮壓&ldo;銅頭蛇&rdo;反革命分子，等等。這些措施極大地調動了北方廣大人民的積極性，有近百萬人踴躍參軍，其中有23萬黑人士兵。戰爭從1862年9月進入了&ldo;革命戰爭階段&rdo;。
北軍司令格蘭特和名將謝爾曼共同制定了&ldo;總體戰略&rdo;，即不但消滅敵人軍隊，還要摧毀敵人的經濟基礎和敵方居民的戰鬥意志。正如謝爾曼說的：要使敵人今後幾代也不敢發動戰爭，&ldo;我們一定要清除和摧毀一切障礙，如有必要，就殺死每一個人，奪走每一寸土地，沒收每一件財物。一句話，破壞我們認為應該破壞的一切東西……&rdo;北方軍隊採取了主動進攻的戰術，從1863年起，雙方進行了三次大戰：
一是昌西洛維爾戰役。1863年4‐5月，北軍波托馬克軍團13萬人同李指揮的南軍6萬人在昌西洛維爾激戰。李克服了兵力上的劣勢，機動靈活地與北軍周旋，以少量兵力正面牽制北軍主力，親率主力迂迴包抄北軍，從側翼和背後襲擊北軍，一舉將北軍擊潰，北軍損失了1．7萬人，南軍損失1．2萬人。但南軍驍將&ldo;石牆&rdo;傑克遜被擊斃。這是南方取得的最後一次戰役的勝利。
二是葛底斯堡戰役。1863年6月，李軍8萬攻入賓夕法尼亞州，北方再次告急。林肯急召波托馬克軍團11萬人迎擊。
這次李低估了對手，以為又和以前一樣指揮拙劣，自己能輕易取勝，因此沒採用慣用的牽制行動。未料北軍已任命悍將米德任軍團司令。米德率軍在交通樞紐葛底斯堡堵住李軍。7月1日，李軍向北軍防守的高地發起猛攻。第一天便突破北軍防線，北軍死傷慘重，僅被俘就達5000多人。李得意起來，令部隊停下來休息，等待後續部隊上來，從而給北軍以喘息之機。7月2日下午，南軍以300門大炮猛攻，北軍奮勇抗擊，頂住了南軍的攻擊。第三天，南軍孤注一擲，發起總攻。幾個師長旅長親自揮刀上陣衝鋒。北軍炮兵以猛烈火力吞噬了一群群南軍