很圆满、上上下下很高兴，谁知却横生事端。
有人举报侯君集在高昌行为不检，私自夺取珍宝；对部下失于管束，纵容所部盗窃抢掠。
太宗诏令将涉事的侯君集等人下狱治罪。
中书侍郎岑文本上疏劝谏，认为：“高昌国主昏悖，陛下派侯君集征讨。他得胜而归还不到十天，您就把他交付大理寺问罪。虽说他罪有应得，恐怕天下人会怀疑您只惩治他的罪行而忘掉了他的功劳。”
“臣听说大将出征，重要的是克敌制胜。如能取胜，即便贪污也可赏赐；倘若失败，纵然廉洁也应处死。因此汉朝的李广利、陈汤，晋朝的王浚以及隋朝的韩擒虎，他们都犯有过失遭到谴责，而天子却仍因其有功予以奖赏。”
“由此来看，担任将帅的武将大多是贪求无度之人，能做到清廉谨慎的很少。所以黄石公才在他的着作《军势》中说：‘将领要从有头脑的、有武勇的、有贪念的、一根筋的，这四类人中选拔。有头脑才会乐于建功，有武勇才会逞强好胜，有贪念才会破敌求利，一根筋才会不计生死。’”
“请您念及他的功劳，忽略他的罪行，让他重返朝班，将功补过。他虽称不上清廉贞洁的臣子，倒也算个贪利愚昧的大将。您这样做虽然有违律法，却能彰显您的德行。侯君集等虽然蒙受恩赦，但过失更为显着。”太宗这才释放了侯君集。
还有人举报薛万均欺辱高昌妇女，薛万均不服。大理寺召来那名妇女，让她与薛万均当众对质。
魏徵劝谏：“臣听说‘君王以礼对待臣子，臣子用忠回报君王’。如今您让一位大将军与亡国妇女当众对质男女私事，即便举报属实，也没多少收获；如果举报有误，薛万均损失可就太大了！当年秦穆公赐给盗马贼酒喝，楚庄王饶恕调戏宫女的臣子。陛下您素来效法尧舜，难道还不如秦穆公和楚庄王吗！”
太宗想想也是，下令释放了薛万均。
与之相反，随军征讨的另一位大将军，突厥人阿史那社尔却能严格约束部下，没有出现盗抢事件。太宗嘉许他的德行，奖励给他宝刀及彩缎千匹。
侯君集和薛万均都属于才大于德的人，虽然仗打得好，军功也多，但在个人品行操守上有所亏欠，比起同为武将的李靖、李世积和阿史那社尔差距很大。
所谓德不配位，必受其累。在这次事件中两人虽得以免责，但后来结果都不好。
侯君集对此一直怀恨在心，在贞观十七年（643年）妄图与大将张亮造反，被张亮告发。太宗不但没问罪，反将其列入“凌烟阁二十四功臣”。谁知侯君集不思反悔，又与太子李承乾勾搭，谋害太宗，终被太宗含泪处死。
而薛万均也在贞观十五年（641）年因罪入狱，忧愤而死。
征伐高昌结果圆满，两员主将却先后殒命，不得不令人扼腕叹惜，深思警醒！