1895年底，&ldo;卡蒂普南&rdo;在聖馬特奧山洞召開了一次具有歷史意義的會議。會議決定準備發動武裝起義，並提出了&ldo;菲律賓獨立萬歲&rdo;的口號。為準備起義，&ldo;卡蒂普南&rdo;加緊籌款購買軍火，僅幾個月時間，便從人民中籌到20萬比索捐款，同時與日本簽訂了購買10萬枝槍和150門大炮的協定。
波尼法秀和哈辛托共同制定了作戰計劃：在內湖省一個靠山近海處建立革命根據地作為起義總部，指揮菲各地的起義。計劃先在呂宋島各地舉行起義，然後攻打西班牙殖民統治的中心馬尼拉，最後解放其餘諸島。1896年8月，&ldo;卡蒂普南&rdo;召開第五屆最高委員會，決定設立最高委員會主席、國務秘書、陸軍部、司法部、財政部，作為起義的領導機構。正當革命迅速發展之際，西班牙殖民當局發現了起義計劃，開始進行鎮壓。8月23日，&ldo;卡蒂普南&rdo;在馬尼拉近郊的巴林塔瓦克召開緊急會議，決定提前發動起義。會議成立了以哈辛托為首的戰時內閣，統一領導起義。
8月26日，在&ldo;不戰勝毋寧死&rdo;和&ldo;菲律賓獨立萬歲&rdo;的口號聲中，人民開始舉行起義，菲律賓獨立戰爭正式爆發。期間起義軍主要使用舊式步槍、大刀、長矛、木棍和石塊作戰，且大多數人未受過正規的戰術訓練。此時，西班牙軍隊在菲只駐有1500人，其中700人駐在馬尼拉，另有菲籍輔助軍6000人，還有10艘軍艦組成的艦隊。西班牙軍隊人數雖然不多，但裝備精良，訓練有素，戰鬥力強。
菲律賓獨立戰爭可分為兩個階段。
1896年8‐12月為第一階段。此間，菲律賓全民奮起，起義達到高潮。巴林塔瓦克、呂宋、棉蘭姥和蘇祿等地相繼爆發了武裝起義。起義中心在呂宋島。菲地主和資產階級保守派的代表艾米利奧&iddot;阿奎那多響應波尼法秀的號召，於8月31日在甲米地發動起義，打敗了西班牙軍，占領甲米地全境。
9月，擊潰了西班牙阿吉雷指揮的軍隊。11月，起義軍在諾維萊塔和比納卡揚擊潰了總督布蘭科指揮的增援部隊。這些勝利，極大地振奮了人民的鬥志，各地起義軍加緊進攻，幾乎占領了呂宋島全境，並包圍了馬尼拉。
1897‐1898年為第二階段。此時，菲律賓革命遇到了暫時挫折。西班牙當局為了加緊鎮壓菲律賓革命，於12月撤換了原總督布蘭科，任命波拉維夏為菲律賓新總督。同時，從國內調來大批援軍，並在菲組建由當地人組成的&ldo;忠誠志願兵營&rdo;。此時，波拉維夏共有3．6萬人。他計劃以精銳部隊集中攻打起義中心甲米地，切斷甲米地與其他各省的聯繫，再各個擊破其他地區的起義。
1897年2月，西軍分兵三路向甲米地發起進攻。在敵人進攻面前，菲起義軍奮起反擊，扼制了敵猖狂進攻勢頭，斃傷敵軍1150人，但終因力量對比懸殊，被迫撤退，西軍占領了起義軍的若干據點。4月23日，里維拉接任波拉維夏為新的菲律賓總督。然而，正當戰爭緊張進行之時，革命隊伍內部發生了分裂。以阿奎那多為首的地主、資產階級害怕農民革命會危及到自己的利益，為阻止革命深入發展，於1897年5月10日殺害了波尼法秀，篡奪了革命的領導權，並取消了&ldo;卡蒂普南&rdo;，起義陣營受到嚴重削弱。5月18日，西軍占領甲米地全省，菲律賓革命政府遷到了布拉乾的破石洞，繼續領導抗戰。起義軍名將納蒂比達在阿利亞加戰役中擊敗了西軍的進攻，在中呂宋7個省都建立了革命政權。
1897年11月2日，起義軍成立了菲律賓共和國，並宣布了臨時憲法，阿奎那多任總統。