占领了香港。更让李云经震惊的是，英国总督居然在重兵压境的形势下，挂起了示降的白旗并宣布向日军无条件投降。
“鬼子，我跟你们拼了！”翌日清早，当李云经看到门前大街到处都是淋漓的鲜血，横七竖八躺满了遇害的香港市民尸体时，气得他双眼迸火，恨不得冲上大街和那些手持刀枪的日本兵拼个你死我活。庄碧琴在后牢牢把他抱住，百般相劝，方才把他拉进家中。李云经虽然进了家门，可他气得脸面发白，浑身战抖。突然“卟”地一口，喷出一口热血。然后他一个踉跄跌倒在地，就不省人事了。
自此，李云经病情突然转重。刚到香港时他只是不住地咳嗽，那时李云经对此病并没有引起注意，只认为这是感冒的后遗症。但他没想到这无休止的咳嗽原来可以危及自身的性命，严重的时候，甚至可让他不时咯出血来。最为严重的一次，竟然吐出了大半盆鲜血。后来，在庄碧琴和庄静庵的多次劝说下，李云经才不得不前往玛莉教会医院求医，医生的诊断很快就出来了，原来李云经是得了严重的肺病。在当时的中国，肺病曾经被称为肺痨，一般被视为难以医愈的绝症。即便英国人办的教会医院，在当时也难以用药物加以医治。所以，当李云经听说自己的病被判定死刑后，他的心情忽然变得沉重了。
日本人占领香港以后，李云经的病情愈加严重起来。虽然病情转重，但李云经仍然坚持上工，直到那家商行因战事紧张而倒闭为止。他又失了业。到了1943年深秋，李云经的病情越来越沉重，身体也越来越消瘦，而且已经下不得床来了。庄碧琴和她兄长庄静庵为救他一命，在香港和九龙遍请名医调治。怎奈当时的医疗条件极差，尽管英国医生施尽了医术，也难以让病入膏肓的李云经起死回生。
当年初冬，李云经已经进入弥留状态，微细的脉搏，宛若游丝一般。到了最后，水米几乎都难以入口。就在李云经病逝的前一天晚上，他忽然振作起精神来，以沙哑的嗓音召唤身边的妻子，示意她把儿子叫到床前。李嘉诚当时已经15岁，生得虎头虎脑。见爸爸气若游丝地躺在灯影里喘息，他竭力忍住不哭。李云经攥住儿子的手，低声唤他的名字：“阿诚！……”
“爸，您不要落泪，您肯定会好起来的。”李嘉诚已经意识到父子的生离死别就在眼前，可他尽量忍住眼泪，不让父亲见到他的痛楚神情。
李云经无限爱怜地看着儿子，他用干瘦的手轻轻抚摸儿子的前额，好一阵，他才说了一句话：“阿诚，爸对不起你了，把这个家就交给你了……”李嘉诚的眼泪终于朴簌簌地滚落而下。他知道父亲的话就是对自己的最后叮嘱，只听李云经轻声地说道：“不管什么时候，你都要记住，作学问才是正理啊。有一天，我希望你能成才，成为一个对国家有用的人才。……”
当天深夜，李云经就含恨而死。
李云经身后遗下长子李嘉诚和次子、三子及一个女儿。妻子庄碧琴一个女人开始支撑门户。李云经死后，他被安葬在香港罗湖边上的沙岭坟场。这里是许多潮州人死后的安葬之地，沿着半山坡，排列着横七竖八的一座座坟墓，李云经的墓就建在半山之下。这座坟墓在李嘉诚长大成人以后，曾经先后进行过两次重建和复修。一是1952年，第二次是2006年。第一次修墓是李嘉诚在香港刚刚创业，并在宵箕湾创办长江塑胶厂以后，当时他在原来父亲土坟的基础上，重新用水泥浇灌成一个坟墓的穹窿，然后在坟前立下一块石碑，上刻红色大字：潮州李公云经之墓。
第二次修墓时，李嘉诚已经成了香港商界的首富，并以长实集团主席的身份跻身于《福布斯》的排行榜。这次李嘉诚为乃父重新修墓，竖立了一方黑色大理石的石碑，碑面上镂刻金字：广东省潮州市显考李公云经太府君之墓。下署他及家人的名字及立碑时间