少校谈完意见后，又与李济商量下一步如何查找的问题。由于东京除了沿皇宫区域及大学一带，大半都炸毁了，旧日收藏多已下乡或已散失，所以在那里可以说没有什么看头。而京都却完全不同，大战期间没遭任何轰炸，有关教育文化的事业更没停顿过，又为收藏家集中之地。因此，史克门少校提议，一起去京都走一趟，到那里好好查找查找，说不定在那里能找到“北京人”。李济满口答应，因为这也正是中国此次日本之行的计划内容之一。
史克门少校和李济一行当即赶往京都。他们在京都共住了七天，李济与史克门少校同住一个饭店，差不多朝夕相见，且同桌吃饭的时候甚多，李济便尽量利用这些机会与史克门少校多交换意见。史克门少校是一位爱好东方艺术的人，很富有收藏经验，对于中国抗战前的考古工作也甚为熟悉，并认识很多的东方学者，所以两人很谈得来，谈的范围也相当的广泛。自然，他们各自也都有必须保留的部分，对此都很理解，彼此心照不宣。但一般说来，史克门少校是很同情中国的愿望的。
在此期间，李济曾提出三个问题征询史克门少校的意见：
１．中日的战争，应该从何年算起？２．日本军阀在中国毁坏的文物，日本应该如何赔偿（例如上海商务印书馆的东方文化图书馆、南开图书馆等）？３．未经中国政府允许（伪政府的允许当然不算），日本人在中国发掘器物，应如何处理？
关于第一个问题的答案，当时有四种不同的说法：即（１）从“珍珠港事变”算起；（２）从“七·七”事变算起；（３）从“九·一八”算起；（４）算到甲午战争那一年。对此，史克门少校认为，自“九·一八”起似乎最合理，但应该呈送到高一层的机关决定。毁坏的古物应该赔偿，盗窃的古物应该归还，这在原则上应无问题，但具体的办法仍应遵守“有切实证据的”及“可以辨别的”两个标准。
史克门少校的这些意见应该说大致符合中国代表团的期望，不过真正实行起来，盟军总部似乎也不是那么痛快，或者说显得很困难。至于何以如此，不得而知。
一日，盟军总部有一个叫鲍尔士（ＧｏｒｄｏｎＢｏｗｌｅｓ）的高级美国顾问，在京都碰见了李济。鲍尔士曾在哈佛大学研究民族学，也在西藏考过古，与李济是旧相识了。两人在日本相遇，自然都很高兴。当鲍尔士得知李济所遭遇的困难后，很坦诚地对李济说：“美国政府对于中国要求日本偿还劫掠的文物，是极同情的，但英国却不一定。他们对于‘劫掠’一词（斯坦因等在新疆、甘肃一带的行为）极为敏感，不一定会帮助中国。所以，我的意见这事最好就在盟军总部办理最好，不要推到ＡｌｌｉｅｄＣｏｕｎｃｉｌ去决定，那里是不会得到什么好结果的。”
听了鲍尔士的话，李济已心中有数。但可惜的是，他和史克门少校在京都寻找了整整一个星期，还是没有找到“北京人”。
在余下的日子里，李济依然坚持在日本四处奔波，八方打听，哪怕有一点点与“北京人”相关的线索，他也要亲自过问，亲自查询。但依然没有什么新的线索。
这是怎么回事呢？在日本找长谷部言人和高井冬二，本来是一件不应该成问题的事情，可有关人士却推说：“地址不明，难以查询”。再者，去年１１月１９日美联社就曾向世界发布了“‘北京人’遗骸在日本发现”的消息，今年１月１日英国路透社又发表了“‘北京人’将由日本归还中国”的消息，但现在，为什么以美国为首的盟军总部对“北京人”到底找到没找到，找到后到底在谁的手里，又避而不谈甚至干脆从根本上加以否定呢？很显然，“北京人”还在日本人手上，或者遗失在了别的什么地方，是完全可能的；但谁又可以断言，美国就一定没有从日本人手上将“北京人”揽入自己的