抵抗，终因伤亡过重，放弃阵地溃逃。左翼溃败使得中央奥军处于不利状态，法军中央和右翼部队乘势猛攻。中央麦克唐纳军团的26营人排成每边长达一公里的方阵，率先向敌军中央阵地席卷而去。尽管损失重大，最终还是突破了奥军中心，后面的部队随之而来。奥军被迫全线后退。下午4时，查理大公得知他望眼欲穿的援军即他弟弟约翰大公的部队还在十多公里之外，不觉大失所望。至此，他那用弧形防线围歼法军的计划已基本失败，他虽把法军已诱进他的网里，但他已没有力量拉起网来，反倒让法军打穿了网底。傍晚时分，查理大公见取胜无望，便下令全线撤退。奥军有秩序地撤出战场，留给法军的战利品只不过是9门火炮和一面军旗。
瓦格拉姆一战，奥军死伤32000余人，被俘7500余人，其损失不亚于奥斯特里茨战役。然而，法军付出的代价也是极其高昂的，法军损失了27000人。麦克唐纳因在这次战斗中表现突出，荣获殊荣，拿破仑在战场上授给他元帅节杖。
此后整整一个星期内，法军都在继续追击退却中的奥军。7月11日，奥皇弗兰西斯派出使者，请求休战，拿破仑欣然同意，但提出了苛刻条件：凡是法军在休战时刻已经到达的地方，哪怕只有几名法军到达，奥军都要撤走，而且在最后和约签订之前，这些奥军应留在法军手里作为人质。奥皇不得不对这些条件表示同意。
谈判开始了，泄了气的奥皇准备忍受一切。他现在开始咒骂那些促使他进行这场战争的人。他清楚地记得在瓦格拉姆战斗之前拿破仑是怎样惩罚教皇的，那么瓦格拉姆战斗之后的奥地利又将是什么命运呢？他实在不敢想下去。
双方在肖恩布鲁恩宫开始订约谈判。拿破仑开出的条件是：奥地利必须割让一部分土地给法兰西帝国，割让另一部分土地给华沙大公国和俄国，同时付出13400万法郎的战争赔款，将军队的人数限制在15万人以内，继续执行抵制英国商品的大陆封锁政策。奥地利不甘心作出如此巨大的牺牲，他们与拿破仑讨价还价，反复恳求放宽一点条件，但胜利者毫不让步。谈判一直拖延下去，奥国认为一旦拿破仑在西班牙有新的失败，他们就会有个谈判的好机会，所以他们在等待时机。而拿破仑呢？尽管他希望尽快缔结和约，以便把全部力量指向西班牙和英国，但他不能轻易放过奥地利，他要给他的帝国树立威信，要让整个德意志对他俯首贴耳。因此，不管奥国怎样恳求，或施展诡计，都无济于事。谈判的结局似乎一天比一天远，然而，一件意想不到的事情的发生促使了这个条约的尽快签订。
拿破仑每天清晨6点钟都在肖恩布鲁恩宫前检阅军队。每逢这种场合，总是有许多人前来一睹拿破仑的风采。1809年10月13日这一天，阅兵仪式刚要结束，一位穿着整齐的年轻人穿过随从人员乘坐的马匹，朝骑在马上的拿破仑走去。贝尔蒂埃发现这位年轻人形迹可疑，便拦住了他，这位年轻人说要亲自向拿破仑呈交一份请愿书。贝尔蒂埃从他的眼神里看到了一种特别的表情，一种似乎是下了某种决心的表情，当即警觉起来。当这位年轻人不顾劝阻再次向拿破仑走去时，贝尔蒂埃示意一名近卫军军官上去逮捕他。年轻人未加抵抗就束手就擒了，从他的身上搜出了一把大餐刀。由于这一切都是在瞬间发生的，大家又都专心致志地注视着阅兵式，谁也不曾注意到这一幕。
检阅完毕后，拿破仑命人将刺客带到面前。这位年轻人大约只有19岁，脸色白皙，看上去文静柔弱。他供认自己是从瑙姆堡来的一位大学生。拿破仑岂不及待地想知道这个受过良好教育的青年为什么这么干，他急切地问道：“你为什么要杀我？〃〃因为你毁灭了我的国家。〃〃我伤害了你吗？〃〃同对所有德国人的伤害一样。〃〃你是第一次见到我吗？〃〃我在爱尔富特